Les héros se dirigent vers Lalibela en Afrique. Mais Ambrosius les a devancés et a endormi tous les habitants. En explorant les environs, Esteban et Tao découvrent une église contenant une fresque liée aux cités d’or, ainsi qu’une étrange machine. Hélas, c’est un piège d’Ambrosius qui déclenche un tremblement de terre. Les garçons sont ensevelis sous les décombres.

Pour libérer Esteban et Tao des décombres, Zia a déchaîné ses pouvoirs mais en est ressortie épuisée. Pendant ce temps, Ambrosius apprend que Laguerra a remis un mystérieux paquet au capitaine de l’Esperanza. Ayant sombré dans l’inconscience, Zia rêve d’un mystérieux masque qui mènerait à la légendaire cité d’Ophir.

Suivant les indications des villageois de Lalibela, les héros arrivent à Kiloua à la recherche d’informations sur la 5e cité d’or. Sur place, ils découvrent que la ville se livre au trafic d’esclaves. Pendant ce temps, Ambrosius décide d’attaquer l’Esperanza après la trahison de Laguerra.

Le mystérieux Cinza n’est autre que Gomez. Celui-ci dévoile à Esteban une carte menant à une cité d’or. Pendant ce temps, Zia, Tao et les marins décident de faire évader les esclaves de la ville.

Dans une base secrète, Gaspard et Laguerra découvrent que des olmèques sont au service d’Ambrosius. De leur côté, en suivant la carte volée à Gomez, les héros s’écrasent à Zimbabwe, capitale du royaume de Mutapa. Ils y découvrent une mystérieuse porte d’orichalque. En la franchissant, les enfants se retrouvent à Chambord, chez le Roi de France.

Ambrosius arrive à Zimbabwe et, furieux d’avoir été devancé par les héros, franchit la Porte avec l’armure de Zarès. À Chambord, pendant que Tao fait la connaissance de Nostradamus, Esteban et Zia rencontrent le roi François 1er. Malheureusement, Ambrosius fait irruption et s’empare du socle de la pyramide de Mu.

Après l'irruption d'Ambrosius à Zimbabwe, le roi Néchangwé exige de Zia des explications. En échange, il lui révèle l'emplacement d'une chute d'eau qui pourrait abriter la 5e cité d'or. De son côté, encore perturbé par l’incident de Lalibela, Tao décide de rester à Chambord avec les alchimistes de l’ordre du sablier. Après cette séparation, Esteban, Zia et les marins partent en direction de la cité d’Ophir.

Ambrosius a réussi à ouvrir la cité d’Ophir grâce au double-médaillon de Rana’Ori. À l’intérieur, une lutte s’engage pour l’obtention de la pierre d’Ophir. Mais la cité commence à se refermer.

Alors que la cité se referme, tous sont entraînés dans les torrents qui la bordent et sont séparés. En sauvant un olmèque nommé Tyrias de la noyade, Esteban apprend qu’ils sont des atlantes. Pendant ce temps, Zia se fait dérober la pierre d’Ophir par l'olmèque Magon et Laguerra.

Alors qu’Esteban et Zia poursuivent un jeune homme qui a capturé Pichu, ils retrouvent les marins dans un village. Sur place, Zia découvre une réplique du masque qu’elle a vu dans son rêve et apprend que l’original est chez Gomez. Après une dispute avec Esteban, elle part seule à Kiloua avec le Grand Condor.

En route pour Kiloua, Zia découvre que Temba, le jeune chasseur, s’est infiltré à bord du Condor. Après une discussion, elle accepte son aide pour aller récupérer le Bako, le masque légendaire, chez Gomez. Pendant ce temps, à Chambord, Tao fait une découverte importante concernant les cités d’or.

Dans la base olmèque, Gaspard et Laguerra découvrent des salles secrètes contenant des armes, des machines volantes et des soldats en hibernation. De son côté, Ambrosius est fait prisonnier par les olmèques qui le trahissent. Une bataille s’engage pour s’échapper de la base mais Ambrosius tombe dans la lave.

Tao et Zia apprennent aux autres que la 7e cité n’existerait pas encore. Alors qu’ils font escale pour la nuit, le groupe est attaqué par des hommes déguisés en léopards. De leur côté, Gaspard et Laguerra réussissent à s’enfuir de la base olmèque mais s’écrasent peu après. Après avoir ramené le Bako chez lui, Zia est enlevée par les hommes-léopard.

Alors qu’Esteban, Tao et Mendoza poursuivent les ravisseurs de Zia, ces derniers parviennent à les semer. Après avoir appris où ils l’emmenaient, ils partent à son secours. Hélas, une fois sur place, les hommes-léopards surgissent. Mendoza est capturé et torturé afin de forcer Zia à révéler son secret pour contrôler le Bako.

Après avoir retrouvé Zia, Tao et Esteban découvrent un sanctuaire de Mu et d’Atlantide qui leur révèle l’emplacement de la 6e cité d’or. De leur côté, Mendoza et les marins récupèrent le Bako et découvrent que celui-ci est en orichalque.

Contraints par une tempête, les héros atterrissent dans une forêt habitée par des gorilles. D'abord hostiles, ils semblent finalement reconnaître les médaillons du soleil et le Bako. En les suivant, les héros arrivent aux portes de la 6e cité d’or, Orunigi, et découvrent un message des Anciens Sages de Mu et d'Atlantide qui leur révèle le véritable but de leur quête.

Les enfants apprennent que la guerre entre Mu et l’Atlantide a eu pour conséquence une menace céleste sous la forme d’une météorite devant s’écraser sur la Terre. Le seul moyen de sauver le Monde est de construire la 7e cité d’or, dernier rempart contre un nouveau Grand Cataclysme.

À Chambord, les enfants découvrent des indices laissés par Léonard de Vinci. En les suivant, ils découvrent une caverne et un lac sous le château. En le vidant, un heptagone d’orichalque apparaît.

Alors que les enfants informent les rois François et Néchangwé du cataclysme à venir, les habitants de Zimbabwe exigent des réponses de leur souverain après avoir été malencontreusement avertis de la fin du Monde par Sancho et Pedro. Pendant ce temps, Gaspard et Laguerra sont capturés par des indigènes pour être sacrifiés afin de stopper les attaques de criquets dans la région.

Alors que les marins ont également été capturés par les indigènes, ces derniers les emmènent avec Laguerra et Gaspard au Lac des Pétrifiés pour les sacrifier. De leur côté, les enfants tentent de leur venir en aide.

Après avoir été libérés par les enfants, Laguerra et Gaspard acceptent de leur confier les artéfacts de Mu. Malheureusement, il manque la pierre d’Ophir, restée dans la base olmèque. Mendoza, Laguerra et Gaspard décident d’y retourner tandis que les enfants et les marins emportent les artéfacts à Chambord. Ils y retrouvent Athanaos.

L’heptagone d’orichalque s’active et déploie les fondations et les plans de la future cité d’or. Pendant ce temps, Mendoza, Laguerra et Gaspard s’introduisent dans la base olmèque mais sont repérés. Alors qu’il décide de les aider pour honorer sa dette envers Esteban, Tyrias est abattu par Magon.

Grâce au sacrifice de Tyrias, Mendoza, Laguerra et Gaspard récupèrent la pierre d’Ophir et fuient la base avant qu’elle n’explose. Pendant ce temps, à Zimbabwe, les forgerons réussissent à fabriquer les pièces d’orichalque de la future cité d’or. Esteban et Zia partent chercher Mendoza et les autres mais Zarès a survécu et les attends.

Alors que les héros réussissent à échapper à Zarès et parviennent à retourner à Chambord, la construction de la cité d’or bat son plein. Mais les difficultés sont grandes et pour ne rien arranger, Zia a une vision terrifiante où ses amis sont en grand danger. Pendant ce temps, Zarès arrive à Zimbabwe et s’empare de la matrice d’orichalque après avoir éliminé Mendoza et Laguerra.

Ambrosius parvient à rejoindre Chambord et récupère les artefacts de Mu. De leur côté, en récupérant le double-médaillon de Rana’Ori, Esteban et Zia sont transportés instantanément dans un endroit inconnu où toutes les cités d’or sont réunies. Alors qu’ils retournent à Chambord, ils découvrent Ambrosius et tentent, avec Mendoza, de le stopper définitivement.

La météorite approche de la Terre. Hélas, la pierre d’Ophir est endommagée et ne peut plus détruire seule la menace. Les enfants se voient contraints de faire appel à Ambrosius pour les aider avec ses soleils noirs, tandis que le roi François montre son vrai visage et veut confisquer les artéfacts de Mu, la machine olmèque et la cité d’or. De leur côté, Esteban et Zia tentent d’en savoir plus sur le mystérieux pays où toutes les cités d’or se trouvent réunies. Mais eux-seuls pourront s'y rendre.