Kakashi étant à l'hôpital après avoir utilisé le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Naruto et Sakura cherchent de nouveaux compagnons d'équipe. En discutant avec des amis, Naruto se fait attaquer par un mystérieux ninja.

Naruto se retrouve face à Saï tandis que Tsunade sélectionne Yamato, un membre de l'ANBU, pour remplacer Kakashi. Finalement, la nouvelle équipe Kakashi se donne rendez-vous. Naruto reconnaît en Saï le ninja qu'il a combattu sur le toit. La tension monte…

Le leader de l’ANBU racine, Danzô, a recommandé Saï pour l'équipe Kakashi tout en lui donnant une mission secrète. À l’hôpital, Jiraya et Kakashi parlent de la puissance de Naruto qui peut s'avérer dangereuse.

Les tensions montent dans la nouvelle équipe Yamato. Sakura piège Saï pour le frapper. Yamato se voit contraint d'utiliser une technique rare, le Mokuton.

L'équipe Yamato part à la rencontre de l'espion de Sasori. Sur la route, ils décident de se reposer dans une station thermale pour y faire plus ample connaissance.

L'équipe Yamato simule la confrontation avec l'espion ; Naruto et Saï n'arrivent pas à s'entendre.

L'espion de Sasori arrive enfin et Yamato transformé en Sasori découvre qu'il est en réalité Kabuto et qu'il a été libéré de l'emprise de Sasori par Orochimaru. Celui-ci apparaît ; le face-à-face entre les 2 équipes commence. Note : cet épisode débute l'arc mineur du combat sur le pont.

Orochimaru provoque Naruto qui perd son sang-froid et laisse éclater sa colère laissant apparaître 3 queues de Kyûbi.

Naruto sous le coup de la colère détruit le pont et laisse derrière lui Sakura, Saï et Yamato pour aller se battre avec Orochimaru. Fou de rage, il finit par faire apparaître une 4e queue et perd le contrôle.

Le combat entre Naruto et Orochimaru continue.

Sakura se rapproche de Naruto malgré les avertissements de Yamato et se fait blesser au bras.

Saï débute sa mission secrète. Il entre en contact avec Orochimaru qui accepte de l'emmener à son repaire.

Naruto revient à lui, et Yamato explique que Saï a disparu et est probablement impliqué dans une grande conspiration menée par Danzô. Un clone de Yamato est sur la piste du jeune homme.

Yamato révèle à Naruto que c'est lui qui a blessé Sakura pour le convaincre de ne plus employer la force de Kyûbi. En ouvrant le livre de Saï, Naruto, Sakura et Yamato se posent des questions par rapport à ce qui y est dessiné.

L'équipe Yamato s'infiltre dans le repaire d'Orochimaru pour retrouver Saï, tandis que celui-ci toujours avec Orochimaru rencontre Sasuke.

L'équipe Yamato retrouve Saï. Celui-ci leur dit la vérité sur les intentions de Danzô : détruire le Konoha actuel et en prendre le contrôle.

L'équipe Yamato pénètre dans le repaire d'Orochimaru et investit la chambre de Saï qui reconnaît ses torts et revient de leur côté. Kabuto est capturé et ligoté.

Deux groupes sont formés pour chercher Sasuke : Naruto avec Saï et Sakura avec Yamato. Épuisé de son combat précédent avec Orochimaru et de ses recherches en utilisant le multi-clonage, Naruto s'effondre. Lorsqu'il se réveille, Saï se souvient de ce qu'il voulait dessiner dans les pages blanches au centre de son livre d'images : son frère et lui se tenant la main ; il parle alors de ses liens avec ce dernier. Tout à coup, Orochimaru surgit et les attaque. Sakura et Yamato viennent en aide à Naruto, tandis que Saï continue seul les recherches ; il trouve alors Sasuke, grâce à sa technique de souris d'encre. Yamato trouve le bingo-book de Saï où Sasuke est répertorié : il se rend compte que sa mission secrète est de le supprimer.

Yamato explique que selon Danzô, Sasuke en tant que futur corps d'Orochimaru est une menace pour Konoha. Saï pénètre dans la chambre de Sasuke qui se réveille, mais au lieu de suivre ses ordres et de le tuer, il tente de le capturer et révèle qu'il veut préserver les liens entre Naruto et Sasuke. Ce dernier provoque alors une grosse explosion dans sa chambre, ce qui attire l'attention de Sakura, Naruto et Yamato. Naruto et Sakura rencontrent leur ancien ami ; Saï déclare qu'il abandonne sa mission secrète et qu'il souhaite maintenant comprendre le lien qu'il y a entre Sasuke et Naruto en aidant ce dernier à ramener son camarade à Konoha.

L'équipe Yamato retrouve enfin Sasuke qui est bien déterminé à rester avec Orochimaru pour accomplir sa vengeance. Il tient tête à l'équipe au complet et maîtrise Kyûbi grâce à son Sharingan.

Au moment où Sasuke s'apprête à tuer toute l'équipe Yamato, Orochimaru l'arrête et part avec lui. L'équipe rentre ensuite au village. Tsunade, Jiraya et Kakashi apprennent tout ce qui s'est passé et le stratagème de Danzô. Toutefois, Saï, différent de ce qu'il était avant cette mission, reste dans l'équipe et redécouvre le sens du mot ami.