Mewtwo est créé dans un laboratoire à partir des gènes de Mew commandité par le chef de la Team Rocket, Giovanni. Lorsque Mewtwo arrive à la vie, celui-ci ne parvient pas à trouver de sens à son existence.

Tout le groupe, fatigué, décide donc de faire une sieste afin de se retrouver après en pleine forme.

Mewtwo vit avec les pokémons clones dans lieu magique et préservé des humains de la région de Johto. Mais Giovanni est sur le point de le retrouver.

On retrouve Jimmy et son Typhlosion dans leur voyage Pokémon. Non loin d'ici, Attila et Hun arrivent sur une base de la Team Rocket pour voir le cristal miracle. Cette invention peut stocker de l'énergie électrique et attirer les Pokémon Électriks. Jimmy rentre dans un Centre Pokémon et retrouve son amie Marina, En ressortant du bâtiment, ils rencontrent la Team Rocket avec le cristal miracle. Attila et Hun l'utilisent pour attirer tous les Pokémon électriques et capter leur énergie. Avant que Jimmy et Marina ne puissent les arrêter, un autre coup de foudre signale l'arrivée du légendaire Raikou...

Dans ce film special "10 ans de Pokemon", le docteur Yung a mis au point un systeme qui lui permet de recreer n'importe quel Pokemon ayant existe grace a une technologie generant des "Pokemon Mirages". Sacha et ses amis sont invites a decouvrir l'invention dans un chateau ... mais ce qu'ils vont decouvrir est bien pire qu'ils ne l'imaginaient.

Sert de préquelle au film 17, il a été diffusé la semaine précédant la sortie du film. Afin de régler les problèmes du pays des minerais fait de diamant, Diancie et ses majordomes Strassie veulent provoquer le réveil de Xernéas, le Pokémon légendaire. Mais ils ne savent pas qu'au bout de leur périble, quelqu'un les attend...