Un jour, l'Ecole des Ninjas est attaquée par Lothor, un Maître Ninja banni qui revient sur Terre pour prendre sa revanche et capturer tous les élèves Ninjas. Shane, Tori et Dustin sont les trois seuls étudiants qui ont pu s'en sortir. Lothor fait monter les enchères en envoyant ses nouveaux alliés combattre les Rangers : les Rangers Tonnerre, possédant leurs propres Zords Tonnerre. Dans leur mission de vengeance, les Rangers Tonnerre ont kidnappé le Sensei, le croyant responsable de la mort de leurs parents, il leur raconte la vérité : c'est Lothor le responsable. Les Rangers Tonnerre se joignent alors aux Rangers Cyclone dans leur combat contre Lothor.