C'est la rentrée pour Sakura qui entre en cinquième au collège Tomoeda. Elle apprend ce jour-là le retour de Shaolan. Celui-ci lui annonce qu'il vivra désormais au Japon. Alors qu'elle s'endort folle de joie, Sakura fait un rêve où les cartes deviennent transparentes. Le rêve deviendra-t-il réalité ?

Sakura a capturé une mystérieuse nouvelle carte et la montre à Shaolan et Tomoyo. Elle décide de se concentrer sur son quotidien en attendant d'en savoir plus sur ces étranges phénomènes.

Sakura a désormais deux cartes translucides en sa possession, mais cette situation reste un mystère pour elle. Une étrange pluie s'abat sur la ville de Tomoeda, serait-ce l'œuvre d'une carte ?

Une nouvelle élève arrive au collège Tomoeda. Sakura souhaite devenir amie avec elle, mais un événement étrange se produit dans la cour de l'école. Serait-ce l'apparition d'une nouvelle carte ?

Sakura et ses amis vont pique-niquer sous les cerisiers, mais ce moment de détente ne sera pas de tout repos pour la Card Captor…

Sakura, Tomoyo et Chiharu essaient de trouver quel club pourrait convenir à Akiho, leur nouvelle amie. Lequel choisira-t-elle, le club théâtre, majorettes ou bien un autre ?

Sakura va chez Tomoyo pour essayer sa dernière carte, ainsi que le dernier produit de la compagnie Daidôji. Mais un étrange vent semble souffler dans le jardin…

Sakura et Tomoyo sont invitées chez Akiho qui habite dans l'ancienne maison d'Eriol. Elles y feront la rencontre de Kaito, l'homme qui s'occupe d'Akiho depuis plusieurs années.

Sakura décide d’emmener Shaolan à l’aquarium grâce aux billets que son père lui a offerts. Mais une carte décide de troubler leur rendez-vous…

Sakura reçoit Akiho chez elle. Les filles passent un bon moment ensemble, mais Akiho s'endort tout à coup. Sakura doit réussir à mettre la main sur la carte qui a fait ça pour réveiller son amie.

Sakura montre ses deux nouvelles cartes à Shaolan et Tomoyo. Tomoyo semble avoir trouvé une piste concernant ses dernières. Shaolan fait la connaissance de Kaito et sent qu'il possède lui aussi des pouvoirs magiques.

Le jour du tournoi de jeux de balle du collège Tomoeda est arrivé. Sakura participe au basket, tandis que Shaolan et Akiho s'affrontent au badminton. Mais une soudaine grosse chute de grêle va repousser leur match.

Meilin décide de faire une surprise à ses amis et revient passer quelques jours au Japon. Elle en profite pour rester dormir chez Sakura et lui raconter comment était Shaolan à Hong Kong.

Sakura et ses amis ont décidé de passer du temps avec Meilin. Ils s'interrogeaient sur où l'emmener, au sanctuaire Tsukimine ou au zoo ? Passeront-ils leur journée sans encombre ?

Sakura, Meilin et Akiho sont invitées chez Tomoyo pour visionner la pièce de théâtre qu'Akiho souhaitait tant voir. Que va-t-elle penser de la prestation de ses amies ?

Sakura poursuit la carte qui fait trembler la maison de Tomoyo. Plus de peur que de mal, mais sur le chemin du retour, Sakura et Meilin rencontrent une étrange fille aux vêtements d'inspiration chinoise... Serait-ce une amie de Meilin ?

Sakura revoit Lika, son amie de l'école primaire pour lui emprunter un livre qu'elle veut montrer à Akiho. Elle assiste ensuite à son cours de cuisine. Elle est dans le même groupe que Tomoyo et Akiho. Elles doivent faire un gâteau roulé, mais la recette simple à première vue ne se passera pas comme prévu…

Sakura parle à Akiho de sa chère amie Lika qui a bien voulu lui donner un livre pop-up d'Alice au pays des merveilles. Sakura sent ensuite la présence d'une carte et décide de la capturer en pleine nuit, ce qui va lui rappeler ses débuts de Card Captor.

Sakura va conter des livres avec Yukito à des enfants hospitalisés. Elle décide d'inviter Akiho et Shaolan à se joindre à elle.

Sakura devait pique-niquer avec Shaolan, mais son arrière-grand-père l'invite à le rejoindre à sa villa.

Sakura se remet doucement de ses émotions. Son arrière-grand-père décide de chercher le cadeau qu'il souhaitait lui offrir. Pendant ce temps, Tôya et son père ont une discussion à cœurs ouverts.

Bien qu'ils n'aient aucune idée de la raison pour laquelle Eriol veut cacher à Sakura la présence d'Akiho et de Kaito, Kero et Yue décident de suivre ses instructions, Kero montant la garde à côté de Sakura pour la protéger. Cependant, les rêves partagés par Sakura et Akiho deviennent de plus en plus fréquents, et les deux ont un sentiment inquiétant. Plus tard dans la nuit, la silhouette masquée apparaît devant Sakura et elle l'affronte. Au moment où l'on s'apprête à lui confisquer sa clé et ses cartes, Sakura aperçoit le visage d'Akiho sous la cape. Kaito apparaît alors et remonte le temps une fois de plus, même s'il est certain que Sakura finira par se souvenir de ce qui s'est passé.