Le capitaine et l'équipage du Voyager ont été abandonnés sur la planète primitive Hanon IV et tentent de survivre. Kes est enlevée et Chakotay et Tuvok organisent une opération de sauvetage. Pendant ce temps, Culluh, à la tête du Voyager, entreprend de conquérir et soumettre tout le Quadrant Delta. Alors que Culluh teste la puissance du Voyager, Seska active le Docteur holographique qui lui apprend d'étranges choses à propos de son bébé. Le Docteur détecte également la présence cachée de Suder (cf. "Meld") et apprend également que Tom Paris, à bord d'une navette du convoi Talaxian (cf. "Investigations") tente de venir à leur secours.

Tuvok est en proie à une vision. Dans cette vision, il se voit enfant tenter de sauver une petite fille d'une chute mortelle et échouer. Il semblerait que ce soit un souvenir refoulé or, pour les vulcains, un souvenir refoulé qui tente de réapparaître peut-être dangereux.

Le lieutenant Tom Paris et l'enseigne Harry Kim se retrouvent prisonniers d'une prison acrytirienne. Ils sont accusés d'un attentat terroriste ayant fait 47 morts. Tandis qu'ils cherchent à s'évader, le capitaine Catherine Janeway, à bord du Voyager, enquête pour prouver leur innocence.

Le Voyager se retrouve par mégarde près du territoire d'une espèce insectoïde n'entretenant aucune relation avec les autres au point que leur traducteur universel ne fonctionne pas. Parallèlement, le docteur est en proie à une dégénérescence de ces réseaux mémoriels.

Durant sa route vers le Quadrant Alpha le Voyager tombe sur les traces d'un vortex aléatoire et aussi sur des traces d'utilisation d'un objet de la Fédération. Il s'agit d'un synthétiseur. Après une courte enquête ils se rendent compte qu'il s'agit de deux Ferengis égarés dans ce système.

Alors que le Voyager transporte une délégation Enharane (une race Extra-Terrestre rencontrée dans le cadran) B'Elanna Tores a des rêves érotiques très réels, et de son coté l’enseigne Harry Kim Commence à nouer une romance avec une Enharienne.

Le capitaine Janeway doit subir un rituel rigoureux afin de sauver la vie de Kes.

Une faille temporelle s'ouvre devant le voyager. Un vaisseau de la fédération du XXIXe siècle en sort. Il a pour mission de détruire le Voyager, responsable de la disparition du système solaire survenue au XXIXe siècle. Le Voyager tente de se défendre...

Le Voyager de retour dans le quadran Alpha est piégé dans le XXe siècle (1996). Un vaisseau temporelle du XXIXe siècle est depuis 30 ans aux mains d'une multinationale qui utilise sa technologie pour révolutionner le domaine de l'informatique et attaquer le Voyager...

Un étranger blessé nommé Tieran transfère sa conscience dans l'esprit de Kes juste avant qu'il ne meure. Il gagne alors le contrôle sur elle et commence à utiliser ses capacités pour voler une navette et retourner dans son monde natal pour tenter un coup d’état politique.

Alors que Voyager rencontre plusieurs explosions de Supernova, Q apparaît sur le pont du vaisseau et annonce au capitaine Janeway qu'il veut qu'elle soit la mère de son enfant afin de donner un nouvel élan à son peuple, divisé depuis la guerre civile au sein du Q-Continuum. La situation se complique avec l'arrivée d'une femme Q jalouse

De retour d'une mission diplomatique, Janeway et Neelix retrouvent Voyager entièrement désert. Ils découvrent bientôt que le navire est infesté par un virus géant qui a paralysé l'équipage. Neelix est atteint à son tour

Arrivant dans une région de l'espace qu'il ne connait pas, Neelix, de peur de se faire débarquer du Voyager, cherche à se procurer des cartes par tous les moyens et se retrouve impliquer par un de ses anciens amis, Wixiban, dans un trafic de substances illicites

Harry demande à Tuvok de lui apprendre à contrôler ses émotions lorsqu'il tombe amoureux d'un personnage du Holodeck. Mais il devient vite jaloux lorsqu'il découvre ce dernier en compagnie du personnage qui semble tenter de le séduire...

Une navette transportant Chakotay et Janeway s'écrase sur une planète inconnue. L'événement se reproduit plusieurs fois. La première : seule Janeway est grièvement blessée; la seconde : ils sont attaqués par des Vidiians. Et la troisième fois, l'esprit du père de Janeway apparaît au capitaine pour lui annoncer une mauvaise nouvelle

L'enseigne Vorik entre dans le cycle du Pon Farr et doit absolument se trouver une femme. Il jette son dévolu sur B'Elanna Torres qu'il tente de séduire par contact télépathique forcé. Parallèlement, Voyager est placé en orbite afin de récupérer une substance présente dans les grottes d'une planète. Peu après, Janeway découvre le cadavre d'un Borg dans une des excavations

Lors d'une mission sur une planète habitée par des colons en guerre, Chakotay est recueilli par un groupe mené par une humaine, Riley, qui lui explique qu'elle veut réunifier les colons dans un nouveau collectif semblable à celui des Borgs

Le Docteur a décidé d'intégrer des éléments psychologiques des plus grandes personnalités de l'Histoire (de la galaxie) mais cela tourne mal lorsque une deuxième personnalité issue de son "côté obscur" émerge et prend le dessus. Kes demande à quitter le Voyager lorsqu'elle croise une race explorant l'univers

En détruisant un astéroïde qui menaçait une planète habitée par les Nezus, Voyager provoque de terribles tempêtes de sable. Neelix et Tuvok sont dépêchés pour aider les colons à partir. Cependant, leur navette s'écrase

Harry Kim expérimente une bizarre impression de déjà-vu dans une partie de l'espace qui lui est inconnue. Il apprend peu après qu'il n'est pas humain mais qu'il est originaire de cette région

Alors que Kes vit ses derniers instants, elle se retrouve propulsée à différents moments de son existence...

Alors que l'équipage de Voyager se concentre sur un phénomène de tornades spatiales, le docteur a décidé de créer une famille holographique. Insatisfaite par le perfectionnisme du docteur, B'Elanna lui propose d'introduire des données aléatoires dans le programme.

Le scientifique Voth cherche à prouver que sa race aurait pour origine la Terre et qu'elle aurait migré vers le Quadrant Delta des millions d'années plus tôt. Son gouvernement n'est pas prêt à accepter ses conclusions. Il envoie donc son assistant Veer à la recherche du mystérieux USS Voyager dont il a entendu parler...

Les membres de l'équipage se volatilisent les uns après les autres, remplacés par des Nyrians qui ne semblent pas comprendre ce qui leur arrive. Les disparitions se poursuivent et, soudain, les Nyrians s'emparent du Voyager...

Une mutinerie semble avoir éclaté à bord du Voyager entre les membres de Starfleet et ceux du Maquis. La situation empire et Torres se décide alors à arrêter la simulation. Cependant, Paris et Torres se retrouvent prisonniers de la simulation.

Avec beaucoup d'appréhension, le vaisseau Voyager pénètre sur le territoire Borg pour découvrir qu'il existe une menace encore plus importante que les Borgs eux-mêmes...