La méthode abrupte utilisée par Owen afin de ramener Jack et Tosh dans le présent a de graves conséquences: le temps est en train de se désagréger, toutes les époques se mélangent, amenant sur Terre les pires fléaux. La seule solution qui semble s'offrir à Torchwood leur est proposée par Bilis, un homme pouvant voyager à travers le temps. Mais peuvent-ils vraiment lui faire confiance ?

Beth et Mike se font cambrioler dans leur appartement. L'un des cambrioleurs meurt, blessé par une arme tranchante. Torchwood découvre bientôt que Beth est en réalité un alien qui tue à l'aide d'une arme incorporée à son bras. Elle fait partie d'une cellule qui a pour mission d'exterminer l'humanité.

Tommy, jeune soldat ayant combattu au front en 1918 est conservé cryogéniquement par Torchwood. Chaque année à la même époque il est ramené à la vie le temps d'une journée. Mais la démolition de l'ancien hôpital entraîne des dérèglements d'époque et il est le seul à pouvoir enrayer ce phénomène avant qu'il ne s'étende à tout le pays. Seulement Toshiko et Tommy tombent amoureux et Toshiko a bien du mal à se résigner à l'idée de le laisser partir définitivement.

Une créature extra-terreste s'est glissé à travers une faille spatio-temporelle.Elle est tombée entre les mains de Greg et Dale, deux individus qui ont l'intention d'en faire une bête de foire. Ils emploient pour cela la société de Rhys, ce qui va provoquer quelques remous dans le couple Gwen/Rhys.

Rien ne va plus à Torchwood. Tandis que Jack a des réminiscences d'un passé qu'il croyait avoir oublié, Gwen ne se rappelle plus du tout de Rhys. Owen est amoureux de Toshiko, qui elle, sort avec Adam. Toute l'équipe est persuadée qu'Adam fait également partie de Torchwood depuis 3 ans. Qui est réellement cet inconnu que tout le monde semble connaître ?

Martha Jones, médecin major de l'Unit débarque à Torchwood après avoir constaté une série d'assassinats dans les environs de Cardiff. Au fil de l'enquête l'équipe de Torchwood de Martha découvre que les victimes étaient des sujets de tests cliniques engagés par "La Pharm" pour tester un nouveau médicament miracle. Martha décide alors de s'infiltrer à la Pharm afin d'en savoir plus sur ce fameux "Reset".

Le gant de la résurrection va ressusciter Owen mais une énergie inconnue le maintient encore en vie. Le docteur Martha Jones recherche la source de cette énergie qui semble finalement être la mort personnifiée et qui entend bien dévaster la terre et ne laisser aucun survivant.

Owen a été ramené à la vie mais il reste privé de toutes ses fonctions vitales. Jack doit lui faire subir différents examens dirigés par Martha et le destitue de ses fonctions au sein de Torchwood. Commence alors pour lui une longue descente aux enfers jusqu'au moment où un pic d'énergie inquiétant provenant de la maison d'un collectionneur d'aliens oblige Torchwood à faire appel à un homme mort pour s'infiltrer sur les lieux sans déclencher les détecteurs de chaleur corporelle.

La veille de son mariage avec Rhys, Gwen se fait mordre par un alien qui a la capacité de changer d'apparence. Elle le tue. Mais en se réveillant le lendemain, elle constate qu'elle est enceinte, et presque à terme.

Au cours d'une projection au cinéma l'Electro, de vieilles séquences de film en noir et blanc viennent s'insérer dans la pellicule et faiseur de fantômes et Pearl la sirène sortent du film. Ils volent alors le dernier souffle d'innocentes personnes et le mettent dans une flasque. Les victimes ne respirent plus mais leur coeur bat toujours. C'est seulement en respirant ce souffle qu'elles pourront sortir de cet état cataleptique. Il faut récupérer la flasque et réintégrer ces fantômes dans la pellicule.

Le jeune Jonah Bevan disparaît mystérieusement un soir alors qu'il rentre chez lui. Andy Davidson, l'ancien collègue de Gwen, persuadé que cette disparition est le fait des extraterrestres, fait appel à elle pour tenter de résoudre cette étrange affaire. Aidée de Toshiko, elle enquête et découvre plusieurs disparitions inexpliquées. Alors qu'elle expose les faits à toute l'équipe, Gwen se heurte à la curieuse réticence de Jack qui lui interdit de poursuivre ses investigations. Mais Gwen ne l'entend pas de cette oreille et est bien décidée à mener son enquête jusqu'au bout.

Jack, Ianto, Toshiko et Owen inspectent un entrepôt désaffecté d'où émane une étrange énergie. Alors qu'ils explorent le bâtiment, quatre bombes placées aux quatre extrémités de celui-ci explosent simultanément. L'équipe de Torchwood se retrouve prisonnière des décombres.

L'équipe de Torchwood apprend qu'il y a une faille en activité à Cardiff. Toute la ville est en ébullition : meurtres, explosions présence d'aliens,... Jack rentre donc à la base et retrouve John Hart. Ils glissent alors dans une faille et sont parachutés à Cardiff en l'an 27 après Jésus Christ.