Lili Marquette donne naissance à un enfant à moitié Jaridian, avec l'aide de l'énergie vitale de Da'an. Augure se cachant des volontaires, une vieille amie, Street, accepte de le remplacer auprès de Liam et Renee. Sandoval essaie de détruire les preuves de l'existence Jaridian.
Liam et Renee s'inquiètent à propos de rumeurs concernant l'exploitation possible d'êtres humains pour la culture du kryss, une drogue Taelon. Da'an est sous l'emprise de cette drogue, Liam essaie de lui faire prendre conscience du danger engendré par l'abus de cette substance.
Le meurtrier du général T'Than conduit Liam à la découverte du sombre projet des Taelons. En même temps, Jonathan Doors revient sous forme cybernétique pour asséner une frappe mortelle sur le vaisseau mère.
Pendant que Liam et Renee enquêtent sur des emprisonnements suspects, un ex-associé de Augure prévoit de voler la réserve d'or de Zo'or à bord du vaisseau mère.
Le ANA dirige les négociations pour l'amnistie des membres de la Résistance. Liam essaie de convaincre Halley Simmons d'accepter l'offre. Sandoval utilise des parasites pour que les volontaires exécutent des missions suicides contre la Résistance.
Un appareil de surveillance neuronal est implanté dans le cerveau de Liam afin de traquer Da'an qui quitte la terre pour un mystérieux "dernier" voyage.
Zo'or menace d'attaquer la terre après qu'un artefact contenant le secret pour synthétiser l'énergie vitale Taelon ait été volé à bord du vaisseau mère.
Suivant les ordres de Zo'or, Sandoval essaye de capturer Street. Celle-ci découvre qu'elle a la capacité de réfléchir en multi-dimensions et détient du coup la clé pour la survie des Taelons.
La décision des Taelons de se mettre en état de stase mortelle entraîne une scission entre Da'an et Zo'or, ce dernier refusant de partager l'énergie vitale qu'il a accumulé. De son côté, Liam apprend qu'il ne lui reste plus longtemps à vivre.
Après qu'un rayon d'énergie Jaridian ait transformé plusieurs protecteurs de compagnons Taelons en assassins, Zo'or exige que ces protecteurs lui soient livrés dans les 24 heures ou il ouvrira le feu sur la terre. Da'an envoie Liam pour récupérer ces protecteurs vivants. Sandoval est utilisé par les Jaridians pour détruire la terre.
Le destin des Taelons, et probablement celui de Liam aussi, va dépendre de la découverte de la chambre de régénération de Ma'el. De son côté, Street résout l'énigme de Ma'el qui va permettre la fusion des Taelons et des Jaridians.