Alors qu'elles essayent de déterminer si Liam est toujours en vie, Renee et Street tombent sur les Atavus, apparus après la fusion des Taelons et des Jaridians.
William Boone, le protecteur Taelon qui dirigeait secrètement la Résistance il y a trois ans, sort d'un état d'animation suspendu par Sandoval. Il apprend que les Taelons et les Jaridians ont fusionné et qu'une nouvelle espèce, encore plus dangereuse pour l'humanité, est apparue.
Renee aide un tueur en série à s'échapper de prison car elle espère récupérer des informations capitales pour tuer les Atavus, mais le plan se retourne contre elle.
Renee et Street découvre des chambres de stase Atavus sous Stonehenge. L'un deux est ramené à la vie dans une station de recherche en Antarctique. Il se nomme Green.
Renee retrouve William Boone en Himalaya et lui montre le cristal qui lui permet de localiser chaque Atavus sur terre. Dans l'espoir de récupérer le cristal, Sandoval ramène Zo'or à la vie en tant que Atavus. Sa mission est de tuer William Boone.
Renee souffrant d'une dépression à la suite d'un sauvetage ratée, elle et Street décident de se ressourcer dans un spa, mais elles se retrouvent confrontées aux Atavus.
Renee reçoit un morceau d'un vieux manuscrit provenant de son ancien professeur de Harvard, qui croyait que les aliens avaient vécu en ancienne Egypte.
Renee se remet en question concernant son avis sur les Atavus et leur inhumanité lorsqu'elle rencontre Yulyn, un jeune Atavus qui pense et agit comme un véritable humain. Elle décide de le protéger des griffes de Howlyn.
Renee et le capitaine Michaels enquêtent sur une entreprise pharmaceutique fabricant un vaccin anti-hybride. Mais il y a quelque chose d'étrange avec le responsable, le Docteur Spangler.