Doremi entre dans une boutique de magie et aperçoit une sorcière du nom de Maggie Grigri. En disant malencontreusement qu'elle est une sorcière, Maggie Grigri se change en grenouille. Pour réparer son erreur, Doremi doit devenir une sorcière pour rendre à Maggie Gigri son apparence normale.
Émilie, la meilleure amie de Dorémi, envie terriblement son amie (c'est réciproque). Dorémi, voulant utiliser ses pouvoirs magiques, décide de transformer Emilie en Dorémi et Dorémi en Emilie. Il va s'avérer que la vie de l'une comme de l'autre est bien différente...
Une nouvelle élève nommée Sophie originaire d'Osaka est transférée dans la classe de Doremi. Lorsque Doremi la connaît un peu mieux, celle-ci se lie d'amitié avec Sophie.
Émilie et Sophie découvrent le secret de Doremi, comme quoi elle est une apprentie-sorcière; elles deviennent à leur tour des apprenties-sorcières. Les trois jeunes filles redécorent la boutique après que Doremi l'a malencontreusement détruite.
Après avoir redécoré et renommé leur boutique de magie, les filles attendent leur premier client et une sorcière du nom de Délia vient leur rendre visite.
Les filles ouvrent enfin le Maho. Mais les clients se font attendre… Le jeune François Tetsuya entre dans la boutique et achète un porte-bonheur, mais Maggie Grigri annonce ensuite aux apprenties qu’il n’a aucun pouvoir magique. Dorémi va donc tout faire pour aider son ami à régler son problème, sans que celui-ci ne se doute de rien.
Sophie se fait une amie : Nathalie. Celle-ci commence à lui mentir au sujet de son père. Sophie découvre la vérité et s'énerve. Les filles vont tenter de réconcilier les brouillées grâce à la magie...
Les trois jeunes filles se préparent à passer leur premier examen, mais Doremi doit passer la journée à garder sa petite sœur Bibi. Bibi, quant à elle, voudrait prendre le train pour rendre visite à ses grands-parents.
Mademoiselle Kiki ayant découvert des photos compromettantes, elle et le principal adjoint rendent visite à la soi-disant grand-mère de Sophie à la boutique de magie.
Après avoir été insultée par Thomas, Marina refuse de prendre soin des fleurs plantées devant l'école. Émilie est déterminée à aider Marina avec bien évidemment de Sophie et de Dorémi.
Maxime a été arrêté et personne d'autre ne croit à son innocence à part Émilie et mademoiselle Kiki. Avec la place de mademoiselle Kiki en jeu, Doremi, Émilie et Sophie vérifient à l'aide de leur magie si son arrestation est justifiée.
Lors d'un examen, Émilie utilise la magie pour soigner un animal, mais elle n'en a pas le droit. La reine lui interdit alors de pratiquer la magie pendant 10 jours.
Durant son dernier jour sans magie après avoir transgressé les lois du monde magique, Émilie est enlevée par deux malfaiteurs et seules Doremi et Sophie peuvent la sauver.
Les objets de la boutique de Malicia ont des méfaits secondaires et Dorémi et ses amies vont tout faire pour conjurer le mauvais sort. Dorémi en a marre d’héberger Maggie Grigri.
Même après avoir restauré le bus, les filles ne vendent rien. L’examen de niveau 4 approche mais la porte du monde des sorcières est dans l’ancienne boutique.
Après une dispute avec son père, Sophie s’enfuit de chez elle. Les filles ont besoin de boules magiques pour aider leurs parents, elles vont devoir travailler pour la reine.
Doremi et ses amies ont reçu un ordinateur de la part de la reine, cette ordinateur est en fait un sorcier qu'on a enfermé dans cet ordinateur pour le libérer, il faudra que les filles retrouvent tous les objets maléfiques.
Les filles partent en vacances à la montagne dans le chalet des parents d’Emilie. Là-bas elles vont rencontrer Yannick qui vite va faire battre le cœur de Dorémi.