Les filles s’introduisent dans le monde des sorcières pour rendre le sèche-cheveux à Maggie Grigri mais celles-ci tombent par hasard dans le jardin de la reine. Elles vont être témoin de la naissance d’un bébé sorcière.
Bibi fait une nuit blanche pour s'occuper de Flora pour s'entraîner à veiller tard dans l'espoir de pouvoir passer son examen de magie le lendemain soir.
Mademoiselle se rend à la boutique pour demander de l'engrais à DoReMi et ses amis. En effet, la chapelle de l'école où elle a grandi a vu toutes ses plantes mourir. Il s'agirait du dernier démon.
Marina, l'élève qui s'occupe des fleurs, s'est faite insulté par Thomas, un élève qu'elle apprécie beaucoup, mais celui-ci a été incité à faire ça par le trio S.O.S.
Sarah, qui vit sans mère à ses côtés, et Frédéric décident de sécher les cours après que leur professeur leur ai demandé de dessiner un portrait de leur mère pour la fête des mères.
DoRéMi et ses amies vont se voir attribuer le titre d'apprenties royales par la reine pour partir à la recherche de Flora, qui a été enlevée par Alexandre Jaune-d'Œuf.
Dorémi rencontre Jérémy, un mystérieux garçon dont elle tombe amoureuse. Il se révèle que ce dernier possède quelques pouvoirs magiques et est très intéressé par Flora.
Dorémi et ses amies, accompagnées de Lala, Maggie Grigri et sa mère partent à la campagne pour trouver des herbes magiques. Là-bas elles croisent le père de Dorémi en train de pêcher avec une jeune femme.
Mademoiselle Kiki s'est trouvé un nouveau petit ami durant les vacances d'été. Les filles vont alors tenter de savoir si ce petit ami est fait pour elle.