Martin Mystère est un jeune adolescent de 16 ans, employé en tant qu'agent spécial au « Centre », une organisation secrète spécialisée dans les phénomènes paranormaux dirigé par M.O.M. Souvent dragueur lors des missions qui lui sont attribuées, il enquête, en compagnie de sa demi-sœur Diana Lombard, de Java des Cavernes et avec l'aide, aussi, de sa montre-gadget Chrono-Scan, dans des endroits très étranges, mystérieux et effrayants où se trouvent des créatures inimaginables.
M.O.M. envoie Martin et Diana en mission mais ils ont disparu. Un homme à la recherche d'un Noël éternel a cassé un globe neigeux magique et s'ils n'arrivent pas à réparer cela, Martin et Diana risquent de rester prisonniers...
Martin, Diana et Java enquêtent sur la disparition d'un étudiant à l'université de Paris. Ils découvrent que l'école s'est servie de l'étudiant comme cobaye et l'a transformé en mite humaine, dévorant quiconque entre en contact avec elle...
Martin et Diana rejoignent le père de Martin pour passer un week-end dans les bois. Ils découvrent un 'Synth', créature synthétique entre humain et extraterrestre, décidé à récupérer son territoire envahi par les bûcherons...
Martin, Diana et Java partent enquêter sur les rives de l'Amazone, où des plantes et des animaux s'échouent. Suite à des travaux, un étrange nuage a fait son apparition. Il est formé de Vapeur, une bactérie très ancienne...