Naruto, Hinata et Kiba sont envoyés en mission au pays de la terre rechercher un dangereux criminel, Gosunkougi, qui aurait assassiné des familles dans le but de les dépouiller de leur argent. Ils rencontrent alors Sazanami, qui leur apporte de l'aide, mais celui-ci ne s'avère pas très fiable. Kiba découvre alors que le vrai nom de Sazanami est Toukichi, un dangereux criminel.

Dans l'auberge au petit matin, Sazanami essayera de tuer Naruto, Kiba et Hinata, de peur qu'il révèle qu'il est un dangereux criminel et qu'il se cache dans cette auberge. Sans succès, Kiba, Naruto et Hinata décident alors de l'aider à retrouver Gosunkougi, qui veut récupérer la cloche d'or.

Un matin, deux étranges visiteurs essayent d'infiltrer Konoha pour obtenir de précieux renseignements.

Naruto, Tenten et Neji voyagent jusqu’au Pays des Oiseaux pour exterminer le guerrier maudit, un fantôme.

Naruto et les autres tentent de prouver que Kômei est responsable de l’existence du fantôme. Cependant, ce que Naruto et la bande vont découvrir révèle encore davantage d’énigmes à résoudre.

Naruto décide de se lancer dans une enquête personnelle au sujet du fantôme. De leur côté, Neji et Tenten tentent une approche différente. Avec l’aide de deux crapauds, Naruto s’approche de plus en plus de la vérité et est même sur le point d’apprendre la véritable identité du fantôme. C’est peut-être Sagi qui est derrière le masque. Mais Sagi est toujours un seigneur féodal. Sagi refusera de laisser Naruto faire cette révélation, même au risque d’être condamné à mort.

Kakashi ordonne à Neji et à Tenten de rentrer au village avec lui, mais ils sont suivis. Pendant ce temps, Kômei est sur le point d’être exécuté. Mais le guerrier maudit apparaît et le sauve. Neji et Tenten ont reperé celui qui les suit et observent attentivement son manège. Ils parviennent à le tromper. Neji et Tenten confrontent Kômei et le fantôme. Mais Kakashi leur dit de partir. Le fantôme est-il un ami ou un ennemi ? Et qu’est-il advenu de Naruto ? Sagi répond à ces questions en révélant toute la vérité.

Sagi prépare sa vengeance et il est bien décidé à ne laisser personne contrecarrer ses plans. Déguisé en guerrier maudit, il affronte Musou, mais celui-ci sait tout. On apprend aussi que les ninjas errants ne peuvent pas vraiment voler des jutsus, ce sont des faux. Encore plus surprenante, la révélation par Sagi et Musou de leurs véritables identités.

Shima délivre Naruto du piège genjutsu de Ooki, avant de le protéger d’une attaque. Au moment où Naruto semble vaincu, Toki abandonne toute volonté de vivre. Naruto voit une silhouette blanche surgir devant lui. C’est Sagi. Sagi demande à Naruto d’avancer le Temps afin d’aider à nouveau sa soeur. Naruto s’apprête à exaucer son voeu et à protéger Toki. Après la défaite d’Ooki, le Pays des Oiseaux retrouve son calme d’antan. En tant que gouverneur du Pays des Oiseaux, Toki veut améliorer la situation générale. Cependant, il subsiste une question : Naruto a-t-il rêvé qu’il voyait Sagi, ou bien s’agissait-il après tout vraiment d’un fantôme ?

Teuchi, propriétaire du restaurant « chez Ichiraku », a été provoqué en duel gastronomique par un riōnin qui a enlevé sa fille Ayame et demande de l'aide à Naruto, Sakura et Chôji.

Faisant partie des quelques rares Genins disponibles, Naruto, Ino et Shino sont obligés d’accompagner Anko dans sa mission au Pays de la Mer, au cours de laquelle elle doit détruire un monstre marin et protéger un bateau qui transporte de l’or. Cependant, à mesure que son passé lui revient en mémoire et qu’elle se souvient de son ancienne relation avec Orochimaru, Anko se met à agir bizarrement.

Naruto guérit grace à Isaribi, la mystérieuse jeune fille. Pendant qu’il est en convalescence, Anko, Shino et Ino le recherchent. Ce faisant, ils rencontrent aussi l’homme qui s’occupe des salaires pour la cargaison. Les quatre amis finiront par se retrouver, mais seulement après avoir découvert le repère du monstre marin.

Après qu’Isaribi se soit échappée, Naruto et son équipe décident de se rendre sur l’île interdite pour affronter Orochimaru et ses sbires. Ils découvrent rapidement qu’Orochimaru n’est pas une éminence grise, mais un homme connu sous le nom d’Amachi. Amachi est le responsable de la transformation d’Isaribi en monstre. Alors pourquoi Isaribi l'aide-t-elle ?

Après avoir échappé de justesse à l’effondrement du laboratoire, Naruto et les autres doivent rattraper le convoi qui transporte l’argent. Cependant, Amachi a déjà tendu son piège et l’équipe du convoi a mordu à l’hameçon. Naruto et les autres arrivent à la rescousse, au moment où toute l’équipe se prépare au combat. Mais le groupe peut-il vaincre Amachi, alors même que celui-ci révèle sa véritable identité ? Et que se passera-t-il lorsque Isaribi comprendra jusqu’où Naruto est allé pour la sauver ?

Le combat entre Naruto et Amachi est de courte durée, enfin…apparemment. De son côté, Anko retrouve de plus en plus d’éléments de son passé, notamment un événement très important.

Naruto se voit confier comme mission de s'occuper d'un jeune garçon nommé Kuni.

Naruto, Kiba et Hinata sont chargés de trouver un trésor caché dans une grotte dans la montagne. À peine partis, Naruto et Kiba se disputent, c'est alors qu'ils se mettent à faire toutes sortes de paris, que Kiba gagne à chaque fois, mettant Naruto en rage. Arrivés à la grotte, rien ne se passe exactement comme prévu, Naruto n'en fait qu'à sa tête et décide de rentrer dans la grotte qui, d'après Kiba, n'est pas la bonne. Dans la grotte, Hinata se blesse, Kiba décide alors d'aller chercher le trésor tout seul.

Les doubles de Naruto, Kiba et Hinata sont prêts à partir pour le village de Konoha. Pendant que Kiba, Naruto et Hinata essayent de sortir de leur prison, Naruto et Kiba sont encore en train de se disputer. Grâce à la brillante intervention d'Hinata et de son Hakke, ils s'en sortent indemne. Kiba utilise alors « La morsure de l'homme bête » pour sortir de la grotte pendant que Naruto prend le coffre et ils laissent Hinata se remettre de sa blessure. Arrivés au village, Naruto et Kiba rencontrent leurs clones, qui sont aussi fragiles que de la porcelaine.

Naruto croise en chemin un messager ninja et le sauve d'une chute mortelle. Arrivé dans un petit village, il retrouve Jiraya, pensant que celui-ci était parti en mission.

Il y a deux cents ans, une étoile est tombée sur le village caché de l’Étoile. On dit que cette étoile a des pouvoirs mystiques. Mais comme le village compte trop peu de ninjas, il demande l’aide d’autres villages. Naruto accompagne Lee, Neji et Tenten en mission pour protéger le village.

Maintenant que l’étoile a été volée, le petit groupe n’a plus de pistes pour retrouver le voleur qui sait utiliser le chakra permettant de voler. Néanmoins, Sumaru et Akahoshi détiennent peut-être quelques réponses. Poursuivant leur recherche, Naruto apprend la vérité sur les parents de Sumaru. Mais quel est au juste le rapport entre Sumaru et le voleur ? Et quel est le secret de la berceuse de Sumaru ?

Sumaru kidnappé, la situation empire pour Naruto et son équipe. Pendant que Tenten et Rock Lee sont partis chercher des indices et des informations, Neji et Naruto croisent de nouveau le chemin du voleur.

Akahoshi dit que la mission pour les ninjas de Konoha est terminée. Mais Neji ne veut pas s’arrêter là. Naruto est sauvé par le voleur, qui est en réalité la mère de Sumaru combattant pour la fin de l’entraînement de l'Étoile. De leur côté, Lee et Tenten sauvent Sumaru et le ramènent vers les autres ninjas du village de l'Étoile. Akahoshi trouve l’Étoile mais Naruto et Natsuhi ne donneront rien sans se battre.

Après sa défaite face à Akahoshi et aussi en raison de l’effet de l'Étoile, Natsuhi se retrouve en bien mauvaise situation. Si elle utilise ses techniques une fois de plus, elle risque la mort. Sumaru passe un peu de temps avec sa mère, qu’il croyait morte et l’on chante à nouveau la berceuse. À présent, Natsuhi se prépare une dernière fois à aller voler l’Étoile, et elle est prête à donner sa vie pour ça !

Après qu’Akahoshi ait tenté d’exécuter Sumaru, Hakuto et les autres enfants se préparent à lutter pour protéger leur village. Ayant appris la vérité, les adultes condamnent également Akahoshi. Akahoshi a failli tuer Mizura, il n’aura donc aucune seconde chance. Akahoshi n’étant pas du genre à accepter la défaite, il fusionne l'étoile dans son corps, mettant ainsi son chakra hors de contrôle. Tous les autres ont été vaincus, Naruto est le seul à pouvoir défaire cette menace. Avec l’aide de l’esprit de Natsuhi, Naruto se prépare à démolir Akahoshi lors d’un ultime combat ! Mais sera-t-il suffisant ?

Infecté par un virus, Akamaru devient une menace pour Konoha, et devient la cible d'une traque impitoyable. Malgré le danger, Kiba Inuzuka est prêt à tout pour le protéger, et il s’enfuit avec lui. Tsunade donne alors l'ordre de le poursuivre, afin d'injecter à Akamaru un antidote fabriqué par l'équipe médicale. Hanna, sa grande sœur, décide de prendre cette responsabilité, et lorsqu'elle arrive à destination, elle est étonnée de voir qu'Akamaru a bien changé… Celui-ci ne se laissant pas faire, malgré les efforts de Naruto et elle-même, Hanna décide de le tuer, affirmant qu'il n'y a pas d'autres solutions. Mais Kiba, prêt à tout pour son chien, décide de raisonner ce dernier, qui le blesse alors gravement. Kiba est alors hospitalisé, et à peine réveillé, il explique à Tsunade, Naruto et sa sœur aînée, que si Akamaru l'a laissé en vie, ce n'est que par volonté.

Durant son entrainement, Naruto tombe sur un étrange animal légendaire, Onboo, une sorte de singe qui s'agrippe au dos des gens

Shino Aburame et Naruto sont envoyés pour une mission étrange : jouer un rôle durant un enterrement, et éviter de rire à tout prix. Shino ne semble pouvoir échouer, mais rien ne se passe comme prévu.

Naruto, Hinata Hyûga et Chôji Akimichi sont envoyés pour protéger des marchands durant leur périple. Mais la mission se corse rapidement : trois jōnin les traquent.

À la suite de la prise de contrôle de Nano no Kuni par les trois jōnin, et la mort de l'une des personnes que le trio de Konoha devait protéger, la vérité est révélée : ce qui devait être une mission de rang D est en fait une mission de rang A.