Les combats font rage contre les deux premiers jōnin.

Tandis que Tsunade envoie des ninjas à Nano no Kuni pour éviter une guerre avec les autres pays, Naruto est grièvement blessé par le jōnin qui utilise un ninjutsu magnétique. Pour sauver celui qu'elle aime, Hinata l'affronte en duel.

Chôji Akimichi, Hinata Hyûga et Yurinojo sont neutralisés par le troisième jōnin, qui intercepte Naruto avant qu'il ne réussisse à cacher Haruna. L'ultime combat s'annonce bien difficile.

Ino Yamanaka et Naruto sont envoyés en mission : Ino doit jouer le rôle d'une princesse.

Rock Lee ouvre un dojo afin que les ninjas expérimentés puissent le défier, et pour qu'il puisse ainsi perfectionner son entraînement. Tandis que son premier adversaire est Naruto, Maito Gai se déguise pour défier incognito son élève.

7 personnes disparaissent du côté de la cime Kubisaki. Tsunade y envoie Naruto Uzumaki, Kiba Inuzuka et Hinata Hyûga. Surpris par la pluie, ils entrent dans un château plein de mauvaises intentions.

Lee ne s’est pas présenté à son contrôle médical. On envoie Naruto à sa recherche. Avec l’aide de Tenten, il trouve Lee dans son dojo. À l’issue de son contrôle, Tsunade apprend à Lee qu’il ne doit pas faire le Lotus inversé. Gai essaie de lui remonter le moral en l’emmenant s’entraîner. Pendant l’exercice, Lee rencontre Yagura qui est entraîné par Gai. On décide alors d’un combat d’entraînement entre Lee et Yagura. Lee sera-t-il capable de vaincre le nouvel élève ?

Gai est retenu prisonnier dans une forteresse faite de batons d’entraînement. Yagura apparaît à l’extérieur et révèle qu’il n’est pas le vrai Yagura. Il est Genshou, l’aîné des frères Ryuudoin qui ont voulu se venger de Gai, car Gai a vaincu leur père, Ryuudin Agira. Naruto, Neji et Tenten arrivent alors pour sauver Gai. Les trois frères multiplient les batons d’entraînement. Neji trouve comment vaincre ces batons. Naruto, Neji et Tenten commencent à en démonter quelques uns mais les frères ordonnent d’autres actions aux batons. Lee arrive alors pour sauver ses amis. Lee pourra-t-il vaincre tous les batons et sauver Gai des mains des frères Ryuudoin ?

Naruto rencontre un vieil homme, ouvrier dans le batiment, du nom de Gennou. Mais lorsque Gennou vole les plans de certains des batiments de Konoha, les forces spéciales se lancent à sa poursuite. Il s’avère que Gennou est un ninja expert en pièges et qu’il était référencé dans le livre de Bingo. Puis, Gennou se fait exploser à l’aide d’une ceinture d’explosifs attachée autour de sa poitrine et les plans sont perdus. Craignant une invasion de Konoha par le commanditaire inconnu de Gennou, Tsunade demande à Shikamaru, ainsi qu’aux dix genins de Konoha, d’ouvrir l’œil. Mais ils ne trouvent personne pour les renseigner. Le seul qui pourrait leur fournir les informations nécessaires, c’est... Naruto.

Afin d’obtenir les informations dont ils ont besoin sur Gennou, les forces spéciales mettent Narotu en transe, espérant ainsi extraire ces informations des souvenirs de Naruto. Mais obtiendront-ils, même avec tout ça, les renseignements nécessaires ?

Naruto et les autres poursuivent leur quête d’indices sur Gennou ou son plan. Lors d’une enquête à l’Académie Ninja, ils trouvent un très curieux baton d’entraînement qui les mène à une découverte bien plus effrayante encore.

La ville de Konoha est à présent quadrillée d’explosifs, une décision s’impose : faut-il les ôter ou bien évacuer tous les habitants de Konoha. L’évacuation de tout le monde éveillerait les soupçons. L’équipe de Shikamaru doit donc supprimer tous les explosifs, sans que quiconque s’aperçoive de quoi que ce soit. Ils les suppriment et les anciens remarquent quelque chose d’étrange. Quelle est cette chose étrange dans les explosifs ? Et peuvent-ils déminer sans risquer d’en faire exploser un ?

Pendant que Shikamaru essaie de trouver ce que Gennou a planifié pour la suite, Naruto combat Gennou aux Grands Visages de Pierre. Shikamaru pourra-il empêcher à temps la prochaine étape du plan de Gennou de se réaliser ? Et Naruto sera-t-il capable de vaincre le Maître du Piège ?

Vous êtes vous déjà demandés quels étaient les cinq meilleurs combats ? Regardez cet épisode et vous aurez la réponse !

Une mystérieuse jeune fille peint Konoha, Naruto remarque que cette peinture comporte un ciel orageux. Il montre du doigt le ciel clair, mais des nuages l’envahissent aussitôt. Lorsque la jeune fille peint un éclair foudroyant la place de Hokage, un éclair apparaît ! La jeune fille est bientôt appréhendée par les forces spéciales qui précisent à Naruto que ce qu’il a vu est sans importance. Pendant ce temps, Kurenai annonce qu’elle quitte l’équipe 8 ! Quelles sont les raisons de ce départ ? Et quel est le rapport avec les événements présents ?

Yakumo est menacée de capture. Elle se sert de son genjutsu pour éviter d'être capturée. Kurenai l'aide à riposter aux bandits. Mais que cachent-ils tous les deux, Yakuma et Kurenai ? Naruto, Hinata, Sakura, Shino, Kiba et Gai sont sur la bonne voie pour le découvrir !

Naruto trouve l'occasion de parler à Yakumo d'elle et de Kurenai. Yakumo lui révèle alors que Kurenai ne voulait pas qu'elle devienne une shinobi. Mais elle, de son côté, veut prouver à ses parents qu'elle est capable de devenir une jounin. Naruto apprend que le troisième Hokage et Kurenai ont prévu de sceller ses pouvoirs.

Naruto et son groupe ramènent Kurenai et Yakumo à Konoha. Mais à leur arrivée, ils trouvent le village en ruines. Ils déposent Kurenai et Yakumo à l'hôpital, puis partent enquêter. Après avoir regardé tout autour de lui, Shino comprend que ce qu'ils voient sous leurs yeux n'est pas réel. Parti de son côté, Naruto apprend qu'ils sont victimes du pouvoir du genjutsu de Yakumo. Pourront-ils tous échapper à l'emprise de Yakumo ? Quel est son but dans tout ça ?

Le genjutsu de Yakumo est de plus en plus fort. Kurenai commence à disparaître et Naruto ne peut pas utiliser ses jutsus avec le genjutsu de Yakumo. Naruto sera-t-il contraint d'utiliser son pouvoir caché ?

Naruto et Kiba sont envoyés en mission pour livrer à Habotangai un trésor. La mission s'annonce longue étant donné que Naruto et Kiba ont un problème contre Shingemon, leur employeur.

Naruto, Sakura et Lee doivent escorter un prisonnier shinobazu, du nom de Gantetsu, jusqu'à la capitale du Pays de la Forêt. Ils viennent en renfort au groupe d'escorte, au cas où l'autre shinobazu, son équipier, viendrait le libérer. Arrivés au bateau qui doit transporter Gantetsu, ils rencontrent Todoroki qui semble haïr Gantetsu et être totalement persuadé de sa culpabilité. Les trois Ninjas seront-ils capables de repousser une attaque éventuelle des amis de Gantetsu, venus le libérer ? Et quel est le rapport entre Todoroki et Gantetsu ?

Lorsque le bateau se fend en deux, Naruto, Todoroki et Gantetsu se retrouvent séparés de Sakura, de Lee et de l'escorte. Naruto doit, à présent, faire face aux trois autres shinobazu qui accompagnaient Gantetsu. La situation s’annonce mal pour Naruto et Todoroki, quand le chef des shinobazu essaie de les tuer ! Ils s'échappent de justesse et se retrouvent dans la forêt, sur la base même des shinobazu. Naruto saura-t-il les sortir de là, ou bien devra-t-il faire confiance à Gantetsu pour les guider ?

Todoroki veut venger sa famille et tuer Gantetsu. Le seul inconvénient, c'est que Naruto refuse de le laisser faire, car ils doivent emmener Gantetsu à la capitale. Pendant que Naruto et Todoroki se battent, le shinobazu saisit l'occasion et capture Gantetsu. De leur côté, Lee et Sakura sont encerclés par des enfants qui exigent qu'ils leurs livrent Gantetsu. Naruto et Todoroki pourront-ils ramener Gantetsu ? Pourquoi les enfants veulent-ils Gantetsu ? Et comment se fait-il que l'un des enfants soit le petit frère de Todoroki ?

Naruto parvient à sauver Gantetsu et les enfants, mais a bien des ennuis quand Akio se fait enlever, et que Todoroki comprend que son frère est vivant. Naruto et Todoroki pourront-ils sauver Akio ?

Naruto sauve un enfant blessé. Mais il n'est pas de Konoha. Tsunade ordonne à Naruto de s'occuper de lui jusqu'à ce que la mémoire lui revienne. Que faisait cet enfant aux alentours de Konoha et pourquoi ne se souvient-il de rien ?

Naruto et Menma parviennent à persuader Tsunade de les laisser partir à la recherche de la mémoire de Menma. Mais c’est à la condition que Neji et Tenten les accompagnent pour les protéger. Ils passent par un village qui a été brûlé. Ils vont voir les villageois et leur demandent ce qui s'est passé. Malheureusement ceux-ci ne sont pas très heureux de les voir.

En apercevant la marque que Menma a au bras, Ran veut le tuer. Mais Neji s’interpose, en disant qu’il serait injuste de tuer un criminel qui n’a aucune mémoire de ses crimes. Ran finit par se ranger de son avis. Il opère Menma et lui sauve la vie. Mais les villageois sont mécontents. Sont-ils préparés à la deuxième attaque d’un groupe shinobi étranger ?

Un shinobi de sable, Matsuri, a été enlevé par un mystérieux ninja. Afin de les ramener, Gaara doit accepter le défi du mystérieux ninja. Naruto pourra-t-il empêcher ce combat, qui serait catastrophique, d’avoir lieu ?

Gaara, Temari et Kankurô poursuivent les ninjas. Naruto, Shikamaru, Kiba, Chôji, Ino et Lee courent leur venir en aide.

Shikamaru et Ino arrivent à sortir Temari des griffes de Kyaku, pendant que Kiba at Chôji secourent Konkuro. Naruto et Lee voient que Garra s’en sort très bien tout seul. Tout semble aller pour le mieux et le groupe est apparemment en bonne posture.