L'Équipage du Chapeau de Paille découvre un baril au milieu de l'océan.Après l'avoir ouvert,une fusée rouge décolle vers le ciel.Puis le Thousand Sunny se retrouve pris au piège dans le triangle de Florian où il rencontre un navire en ruine.Luffy,Nami et Sanji montent à bord et rencontrent un squelette vivant auquel Luffy demande immédiatement de rejoindre son équipage.

Á bord du Thousand Sunny, Brook raconte son histoire de musicien, et de pirate avant d'être tué. Il expliqua qu'il a mangé le Yomi Yomi no Mi, ce qui lui a permis de revenir d'entre les morts. Il dit aussi que quelqu'un lui a volé son ombre, et donc il ne peut pas être exposer à lumière du soleil. Un fantôme apparaît soudainement dans la cuisine, et les Chapeau de Paille découvrent qu'ils ont été pris pour cible par le fantôme de Thriller Bark.

Lorsqu'un fantôme apparait, effrayant tout le monde à bord, une secousse se fait sentir. Les membres de l'équipage viennent d'être faits prisonniers du bateau-île Thriller bark. Un énorme navire, sombre, vieux, endommagé et sinistre.

Usopp, Nami, et Chopper traversent la forêt de Thriller Bark, où ils sont attaqués par un groupe de zombies avant d'atteindre enfin la maison du chirurgien Dr.Hogback et de son assistante Cindy. Le médecin commence à agir bizarrement puis il est mentionné que Brook est arrivé sur l'île. Le Thousand Sunny, quant à lui, se fait prendre dans une toile d'araignée géante.

Nami se fait attaquer par Absalom qui fuit. Le reste de l'équipage du Chapeau de Paille débarque sur l'ile. Hogback dévoile son plan de capturer tous l'équipage. Nami, Usopp et Chopper sont bloqués face aux zombies du manoir.

Après avoir échappé aux zombies du manoir, Nami, Chopper et Usopp se retrouve dans la chambre de Cindry et découvre sa vrai identité. Quelques instants plus tard, ils découvrent le laboratoire du Dr Hogback ainsi que ses expériences. Á l’extérieure du manoir, Luffy, Zoro, Robin, Franky et Sanji sont arrivés au cimetière et viennent de mettre K.O tous les zombies s'y trouvant. De retour dans le manoir : Un mystérieux samouraï les surprend entrain d'espionner le Dr Hogback. Il avait la même voix que Brook.

Après avoir battu les zombies, les Chapeaux de Paille apprennent que l'un des 7 Grands Corsaires, Gecko Moria, a été voler les ombres des gens, et les utilise pour donner vie à des zombies. Après leur départ, Absalom rallie les zombies ensemble pour l'attaque de nuit, tandis que les fantômes retournèrent auprès de leur maître, Perona. Gecko Moria lui-même, un homme massif, presque géant, se réveilla. Les Chapeaux de Paille viennent à la conclusion que Thriller Bark n'est pas une île, mais plutôt, un navire massif.

Usopp, Nami et Chopper sont neutralisés sans effort par Ryuma et enfermés dans un cercueil. Luffy et les autres entrent dans le manoir et battent facilement les zombies surprises, mais Sanji disparaît, alors ils forcent Oinkchuck à agir comme leur guide en l'emmenant avec eux. Tandis que les zombies de Thriller Bark célèbrent le début du Raid Nocturne, Absalom réveille les autres Généraux Zombies pour s'occuper des Chapeaux de Paille.

Après avoir réveillé les généraux zombies, Absalom est accosté par Lola, une warhog zombie obsédée par l'idée de faire de lui son mari. Après avoir appris qu'il a choisi Nami comme épouse, Lola jette son dévolu sur le navigateur. Nami, Usopp et Chopper parviennent à s'échapper de leur cercueil et se retrouvent dans un jardin, entourés d'animaux zombies, dont un étrange zombie pingouin-bouledogue nommé Inuppe qui parle et agit un peu comme Sanji. Les autres chapeaux de paille, quant à eux, découvrent un couloir bordé d'armures et se rendent compte que Zoro a également disparu.

Les 3 membres de l'équipage restants, Luffy, Robin et Franky sont piégés par Buhichuck dans une pièce où ils sont forcés d'affronter des Généraux Zombies. Nos trois Mugiwara sont capables de les retenir jusqu'à ce qu'un homme étrange nommé Jigoro apparaisse et que Luffy soit capturé par les forces Zombies. Franky et Robin sont laissés seuls pour faire face au singe-araignée.

Usopp, Chopper et Nami sont toujours dans le jardin de Perona. Alors qu'un des animaux s'apprête à frapper Nami, un mystérieux zombie apparaît, Chienguin, et dévie le coup. Le zombie déclare qu'il ne laissera personne frapper Nami. Cet esprit chevaleresque rappelle à nos trois compères l'attitude de Sanji. Cependant, Absalom arrive et terrasse Chienguin d'un seul coup. Nami s'enfuit alors en essayant de s'éloigner aussi loin que possible d'Absalom. Pendant ce temps, Robin et Franky se retrouvent face-à-face avec Tararan, un général zombie, cependant, un cri s'élève du ciel et Brook apparaît.

Nami arrive finalement à s'échapper des griffes de Laura(Zombie). Elle, Usopp et Chopper se cachent dans le corps de Kumacy, afin de se cacher d'Absalom. Pendant ce temps, au château, Luffy continue de se débattre dans son cercueil, avant de se faire sortir, puis jeter dans un cachot par Gyoro, Nin et Bao.

Brook parvient enfin à battre Tararan. On aperçoit alors l'ombre de ce dernier sortant de son corps. Brook explique alors à Robin et à Franky le fonctionnement des Zombies. En effet, Gekko Moria peut voler et transmettre des ombres grâce à son fruit du démon : le Kage Kage no Mi. Pendant ce temps, Moria réunit le reste du Quatuor Monstrueux (Absalom, Perona et Hogback) dans une salle du château. Là, il explique son intention de donner l'ombre de Luffy au Zombie Spécial.

Moria, accompagné de l'ombre de Luffy et de ses acolytes, pénètre dans la chambre froide qui renferme le zombie spécial : Oars. Il est la seule personne à avoir jamais reçu le titre de "démon", Oars est grand comme près de quatre géants. De son côté, Brook part à la recherche du zombie qui lui a volé son ombre : Ryuma.

Moria insère l'ombre de Luffy dans le corps d'Oars. Lorsque ce dernier se réveille, il réclame immédiatement de la viande (ce qui rappelle la personnalité de Luffy) et demande à ce que Sanji lui fasse à manger. Cependant, Oars se rend compte qu'il ne connaît pas de Sanji. Usopp, Chopper et Nami, qui étaient jusque-là cachés dans le dos de Kumacy, finissent par se faire repérer. Absalom prend alors en chasse Nami pour se marier avec elle.

L'Équipage au Chapeau de Paille est toujours bloqué sur Thriller Bark. Le Grand Corsaire Gecko Moria vient d'utiliser l'ombre de Luffy afin de ramener à la vie le géant Oars. De son côté, Brook retourne affronter le zombie qui possède son ombre : Ryuma. Pendant ce temps, Franky, Chopper, Usopp et Robin cherchent à rassembler l'équipage pour quitter l'île et se rendre sur le Sunny pour réveiller ceux dont l'ombre a été volée : Zoro, Sanji et Luffy.

Robin, Chopper, Franky et Usopp retrouvent Luffy, Sanji et Zoro à bord du Sunny. Là, Brook nous apprend qu'il promit à un ami de revenir le chercher. Cet ami, celui qui l'attends encore aujourd'hui, c'est Laboon, la baleine géante que l'équipage avait rencontré au Cap des Jumeaux.

Cet épisode démarre par un flashback de la rencontre entre l'Équipage du Chapeau de Paille et Laboon. Pendant ce temps, le combat continue entre Ryuma et Brook. Ryuma prend rapidement le dessus sur Brook. Luffy décide que Brook fera partie de son équipage puisqu'il est un ami de Laboon et un musicien.

Ayant choisis d'aider Brook et de le recruter dans leur équipage, l'Equipage du Chapeau de Paille se sépare afin de retrouver l'ombre du squelette et, de détruire Gekko Moria. Hogback, frustré à l'idée qu'Absalom fasse un mariage avec les Généraux Zombies comme invités, décide de devenir second commandant de l'Armée zombie. Luffy, enragé, et Sanji massacrent la plupart des Zombies mais, sont stoppé par les fantômes négatifs de Perona.

Oars détruit un bâtiment pour se construire un chapeau de pirate. Pendant ce temps, Usopp, Zoro et Sanji arrivent dans la chambre de Perona. Cette dernière leur envoie ses fantômes négatifs et déstabilise rapidement Sanji et Zoro. Cependant, Usopp ne ressent rien, il révèle alors qu'il est immunisé contre les pouvoirs de Perona puisqu'il pense toujours tout en négatif. Ce dernier exprime alors sa volonté de se battre contre Perona et ordonne à Zoro et Sanji de continuer à avancer sans lui.

Usopp continue de résister aux Négative Hollow de Perona tandis que Brook se fait clairement dominer par Ryuma ce qui prouve la supériorité du samouraï sur l'hôte de l'ombre original. Zoro intervient alors dans le combat. Pendant ce temps, Oars continue de provoquer le chaos sur Thriller Bark et écrase tous les Généraux Zombies envoyés par Absalom qui est actuellement en train de combattre Sanji pour Nami.

Usopp, immunisé face aux pouvoirs du Horo Horo no Mi de Perona continue de combattre cette dernière. De son côté, Sanji, survenu lors du mariage de Nami, attaque Absalom pour protéger "son amour".

Le combat entre Sanji et Absalom fait rage... Le cuistot prend l'avantage mais le pouvoir d'invisibilité d'Absalom le met rapidement en difficulté. Absalom profite donc de son fruit pour frapper violemment Sanji qui essaie de protéger Nami. Pendant ce temps, la poursuite entre Usopp, Perona et Kumacy continue.

Perona montre l'étendue de ses pouvoirs à Usopp. Elle prend rapidement l'avantage mais ce dernier fait avaler du sel à Kumacy, qui perd alors son ombre.

Usopp qui combat Perona assiste à une démonstration des pouvoirs de son fruit du démon, le Horo Horo no Mi mais parvient quand même à la vaincre. Luffy, lui, continue de lutter contre le Grand Corsaire, Gecko Moria, sans succès. Oars, commence à obéir aux ordres de Moria... Pendant ce temps, Robin et Chopper se font vaincre par Chienguin et Jigoro. Zoro a apparemment été lui aussi vaincu par le samouraï Ryuma.

Zoro se relève et relance son combat contre Ryuma dans le but de gagner son sabre : Shuusui. La bataille est acharnée, le samouraï du Pays de Wa est à la hauteur de sa légende ! De leurs côté, Franky et Brook observent les dégâts qu'inflige Shuusui. La bataille serrée et titanesque entre les deux sabreurs se terminera sur le toit Pendant ce temps, Oars massacre les Généraux Zombies, c'est du moins ce qu'explique Hildon aux survivants. Zoro, lui, achève finalement Ryuma qui comprend sa défaite. Ce dernier, lègue son katana, Shuusui, à Zoro qui accepte mais qui fait comme si il n'y avait pas de gagnant. De son côté, Luffy ne s'en sort pas avec l'ombre de Moria.

Chopper et Robin se battent contre Chienguin et Jigoro, qui semblent avoir presque perdu les personnalités qu'ils avaient acquises grâce aux ombres de Zoro et Sanji. Ensuite, Chopper se met en colère contre Hogback après qu'il lui ai raconté qu'il a rendu la vie à celle qu'il aimait, Cindry. Chopper essaye alors de la purifier, mais elle résiste. Plus tard, tandis que Chienguin et Jigoro se battent l'un contre l'autre, Robin demande à Hogback de leur ordonner de sauter par la fenêtre. Pendant ce temps, Luffy essaye d'affronter Moria.

Chopper et Robin retiennent facilement Cindry et capturent Hogback. De son côté, Luffy affronte Oars qui reçoit l'ordre de détruire tous les membres de l'équipage du Chapeau de Paille. Moria prend alors l'avantage sur Luffy grâce à Oars et parvient à s'échapper rapidement. Oars finit par trouver les Mugiwara et débute un combat contre eux. Luffy, lui, part à la poursuite de Moria.

Luffy continue de courir après Gekko Moria. Cependant, les attaques de l'ombre de Moria le ralentissent. Pendant ce temps, le reste des Chapeau de Paille continue de lutter contre Oz. Le zombie rétame rapidement chacun d'eux, affirmant qu'il ne les connaît pas et que son maître est Moria.

Oars fait un carnage sur Thriller Bark. Après avoir réduit le manoir en ruine, anéanti tous les Généraux Zombies ainsi que Hogback, il bat une partie de L'équipage du Chapeau de Paille et part à la recherche des membres manquant. De son côté, Perona ordonne à ses sbires de prendre de la nourriture et des trésors pour fuir Thriller Bark à bord du Thousand Sunny. Pendant ce temps, Nami arrive à échapper à Absalom grâce à l'apparition de Laura(Zombie). Laura(Zombie) apparait alors comme l'alliée de Nami.