Les Pokémon se sont détournés de leur route vers Flusselles, pour aller visiter l'unique usine de Poké Balls au monde, dirigée par la Team Rocket.

Serena est prête à concourir pour le Salon Pokémon de La Frescale. C'est aussi le cas de Miette, qu'elle avait déjà affrontée lors d'un concours de Pofiteroles.

Dans un hôtel délabré, un réceptionniste timide, nommé Mercurio, guide les Pokémon vers leur chambre. Sacha décide de tester la zone de combat de l'hôtel.

Sacha, Serena, Lem et Clem arrivent juste au moment du Festival de Banshitrouye, où chacun doit porter une costume de Pokémon. Bien entendu, nos héros sont impatients de participer à la fête ! Quant aux membres de la Team Rocket, ils se sont déguisés et ont reçu une invitation au château de la part du Comte Pitrou. Le Prince Pitrouille du Comte est très intéressé par la Pitrouille de Jessie. Jessie profite de cette occasion pour raconter au Comte Pitrou que de vilains bandits, c'est-à-dire nos héros, ont volé SON Pikachu !

Une immense montagne enneigée se trouve sur le chemin des Pokémon vers Flusselles. Pour la franchir, ils louent de puissants Mammochon et les voilà en selle.

Pour s'abriter de la pluie, nos héros ont fait halte dans un Centre Pokémon très important. Mais une fuite sur le toit provoque une panne de courant. Lem demande à Luxray, Pikachu, et Dedenne de fournir de l'électricité, le temps qu'il fasse les réparations nécessaires. Sacha va s'occuper de la fuite sur le toit, pendant que Séréna et Clem aident l'infirmière Joëlle à soigner les Pokémon. Lem a besoin d'un fusible de rechange, mais comme il ne peut pas laisser le compteur sans surveillance et que tous les autres sont occupés, il demande à Marisson et à Sapereau d'aller chercher un fusible en ville. En chemin, les deux Pokémon rencontrent la Team Rocket.

Alors que Séréna s'entraîne intensément pour le Salon Pokémon, une puissante attaque de Pandespiègle frappe Roussil et casse sa branche bien-aimée. Tous nos amis se mettent alors à la recherche d'une nouvelle branche, mais Roussil ne veut en accepter aucune. Quant à la Team Rocket, comme à son habitude, elle espionne nos amis et James se déguise pour se joindre à eux et essayer de les aider. L'infirmière Joëlle propose à Séréna de faire appel à un célèbre chirurgien d'arbres, Monsieur Charpentier, mais celui-ci exige que Roussil le combatte pour prouver son désir de retrouver sa branche.

Quand nos héros arrivent au pied du Mont Sulfureau, la soudaine apparition d'un Reptincel très énervé leur fait comprendre que Trovato, leur ami rencontré au camp d'été Pokémon, n'est pas loin. Il est venu pour photographier le Pokémon légendaire Sulfura, qui est censé vivre sur le Mont Sulfureau. Mais les membres de la Team Rocket ne sont pas loin et ils projettent de capturer Sulfura pour l'offrir à leur chef. Alors qu'ils attrapent Pikachu et qu’un combat s’ensuive tout près du cratère du volcan, le Pokémon légendaire s'éveille et envoie la Team Rocket voler vers d'autre cieux avec un puissant Lance-Flammes !

La Team Rocket a capturé un jeune Ptyranidur, et veut le faire évoluer en un gigantesque et puissant Rexillius. Mais Ptyranidur refuse absolument de rester avec eux. Il saute de leur ballon et tombe dans la rivière. C'est là que Clem, qui a entendu ses plaintes, le trouve coincé. Après que Clem l'ait libéré, Ptyranidur commence à tisser avec elle des liens d'amitié que nos héros remarquent avec attendrissement. Mais Lem n'arrive pas à comprendre pourquoi ce Ptyranidur se retrouve dans la nature.

En chemin vers Flusselles, Sacha et ses amis tombent dans un puits de mine ouvert par la Team Rocket ! Pikachu envoie très vite les méchants voler vers d’autres cieux, mais le sol se dérobe sous les pieds de nos héros, qui se retrouvent dans un tunnel de métro abandonné. Et Clem se souvient de la première fois où, avec Lem, elle a rencontré Sapereau, qui vivait à Illumis avec un groupe de Pokémon, dans une rame de métro abandonnée. Ils étaient harcelés par un Excavarenne grognon qui voulait le train pour lui tout seul.

Alors que nos héros, en route vers Flusselles, se reposent dans un magnifique champ de fleurs, Serena et Clem ont la surprise de rencontrer un Évoli, qui danse joyeusement au soleil ! Serena est enchantée d'admirer le petit Pokémon, mais soudain, alors que Sacha appelle les filles pour le thé, Évoli s'enfuit. Désireuse de le rencontrer à nouveau, Serena décide de faire une démonstration de son spectacle pour attirer son attention. Évoli se montre enfin, mais il est capturé par la Team Rocket ! Au cours du combat qui s'ensuit, Évoli protège Serena du danger en utilisant Abri, et Pikachu, en lançant Tonnerre, envoie les méchants voler une fois de plus vers d’autres cieux !

À Flusselles, où Serena s'entraîne pour le prochain Salon Pokémon, nos héros ont l'agréable surprise de voir arriver leurs amis Tierno et Sannah avec leurs Pokémon qui viennent d'évoluer ! Mais le nouveau compagnon de Serena, Évoli, est timide et peureux en présence de tous les autres, alors elle propose de faire un combat en double pour qu'Évoli puisse acquérir de l'expérience et surtout de la confiance. Ce sera donc Serena et Sannah contre Sacha et Tierno !

Serena retrouve ses amies Sannah et Nali au Salon Pokémon de Flusselles ! L'épreuve à thème est un quiz Pokémon, qui élimine Nali. Seules Sannah, Serena, et Jessili (tiens ?...) participent à l'épreuve libre. Pendant le spectacle de Jessie, un feu d'artifice effraie Évoli qui part se cacher sous un banc. Serena est incapable de présenter son spectacle tant qu'elle n'aura pas retrouvé son petit ami, mais heureusement, au son de sa voix Évoli sort de sa cachette. Sannah et Serena présentent un spectacle magnifique, et Serena remporte sa deuxième Clé de la Princesse ! Quand tout est terminé, Tierno et Sannah partent au secours de leur ami Trovato. Et pour nos héros, la prochaine étape est le combat d'Arène de Sacha !

Sacha se prépare pour son prochain combat d'Arène à Flusselles, alors que le Professeur Platane arrive dans la ville pour rechercher l'origine du mystérieux cadran solaire de Flusselles. Mais une jeune femme apparaît et ordonne au professeur de s'en aller immédiatement ! La Championne Astera arrive bientôt pour arrêter son apprentie. Puissante et mystérieuse, Astera est en fait capable de lire dans le futur ! Astera a eu la vision du lien très puissant qui s'est tissé entre Sacha et Croâporal, ainsi que d'un avenir très brillant pour eux deux, mais elle a aussi vu que le cadran est en grand danger d'être détruitpar la Team Rocket en personne !

Le Combat Duo entre Sacha et Astera, la Championne d’Arène de Flusselles, vient juste de commencer ! Le puissant couple de Mistigrix d'Astera, avec leur combinaison de Coup d'Main et de Prescience, paraît imbattable. Mais une fois que Sacha a compris la stratégie d'Astera, les choses commencent à changer ! Il demande à Pikachu de calculer le délai d'action de Prescience, et utilise cette information pour ordonner à Flambusard et à Croâporal d'attirer les Mistigrix sur la trajectoire de leur attaque.