En route vers Auffrac-les-Congères, Clem découvre un petit Pokémon vert qui se cache dans son sac. Le Pokédex ne peut pas l’identifier, elle décide donc de l’appeler Pouic. Peu après, nos héros retrouvent leur ami Liam et son Massko. Les retrouvailles sont bientôt interrompues par un groupe de gens habillés en rouge et portant de curieuses lunettes, qui semblent déterminés à mettre la main sur le nouvel ami de Clem.

En chemin vers Auffrac-les-Congères, Sacha et ses amis appellent le Professeur Platane pour en apprendre davantage sur le nouvel ami de Clem : Pouic ! La Team Rocket est très excitée d’apprendre qu’il s’agit peut-être d’un nouveau Pokémon, et commence à ourdir un plan... Plus tard, tandis que Serena et Évoli répètent, un Boguérisse sauvage surgit soudain de la forêt et exécute devant Évoli une attaque Fouet Lianes en forme de cœur, pour lui offrir ensuite un bouquet de fleurs.

Nos héros traversent une forêt lorsqu’ils entendent des appels à l’aide ! Ils découvrent une jeune femme dont la jambe est coincée dans une crevasse, et parviennent à la libérer. Elle leur montre la méga-gemme qu’elle vient de trouver, et leur apprend qu’elle est une Infirmière Joëlle. Puis, elle les conduit au Professeur Platane au Centre Pokémon. Mais arrivée là-bas, elle se dispute avec son assistant Nanméouïe !

Alors que nos héros traversent une vallée verdoyante, ils entendent au loin un puissant hurlement ! C’est le chef d’une tribu de Némélios, qui ordonne avec fermeté à un jeune Hélionceau de quitter la tribu pour s’en aller vivre seul. Le premier réflexe de Sacha est d’intervenir, mais après avoir réalisé qu’il s’agit d’un rite de passage nécessaire, il convainc ses amis de suivre le jeune Hélionceau à distance pour pouvoir garder un œil sur lui.

Nos héros campent à la belle étoile pour assister à une pluie de météorites, puis se blottissent dans leurs sacs de couchage. Pendant la nuit, Pikachu et Miaouss, de la Team Rocket, ont soif et se rencontrent alors qu’ils essaient de trouver de l’eau. Ils se retrouvent immédiatement embarqués dans la plus étrange des aventures. Leurs amis Pokémon parlent tous comme des humains, tandis que leurs amis humains ne peuvent plus faire que des bruits de Pokémon. De plus, tous les Pokémon semblent être capables d’évoluer à volonté !

Au beau milieu d’une pause-déjeuner, nos héros sont agréablement surpris par l’apparition de leur ami Sanpei et de son Amphinobi. Tous deux se dirigent vers le village Ninja, et nos héros sont invités ! Là-bas, ils rencontrent les frères de Sanpei : Ippei et Nihei, ainsi que le chef du village, Hanzo, et son assistante, Shinobu. Tous sont très impressionnés par les progrès qu’a faits Sanpei, en tant que Ninja et en tant que Dresseur. Nos héros sont émerveillés par tous les Pokémon étonnants qui se trouvent là-bas…

Alors que nos héros sont en visite dans le Village Ninja natal de leur ami Sanpei, le chef Hanzo est capturé par un groupe de mystérieux ninjas ! Leur chef est Kagetomo, un Ninja talentueux, persuadé qu’il devrait être chef à la place d’Hanzo. Sanpei et ses frères sont bien décidés à libérer leur chef, et ils affrontent courageusement Kagetomo et ses hommes de main, avec l’aide de Sacha, Serena et Clem. Au cours du combat, le Croâporal de Sacha évolue en un Amphinobi particulièrement puissant !

Serena, son amie Nini et Jessili vont concourir lors du Salon Pokémon de Mozheim ! La première épreuve est un concours de Pofiteroles. Mais il ne s’agit pas seulement de cuisiner ! Les Artistes doivent aussi faire preuve de grâce et de créativité. Ensuite, ce sera le tour de l’épreuve libre et des débuts sur scène d’Évoli ! Serena et Évoli dansent ensemble tandis que Roussil dessine un cercle de feu tout autour d’eux, et en guise de finale, Évoli saute gracieusement par-dessus la branche enflammée de Roussil !

Tandis que nos héros pénètrent dans la Grotte Coda, Pouic file à toute allure ! Avant que les autres ne puissent le rattraper, Pouic envoie un message à un Pokémon qui lui ressemble. Ceci alerte la Team Flare, et ils se dispersent pour attraper Pouic et son ami, Z2 ! Tandis que la Team Flare se rapproche, Pouic appelle de nombreuses Cellules et fusionne avec elles pour devenir un redoutable Pokémon à quatre pattes. Il lance une attaque dévastatrice sur la Team Flare mais, comme cela ne suffit pas, Sacha fait intervenir son Amphinobi, et tout deux semblent combattre comme s’ils ne faisaient qu’un ! La Team Flare finit par battre en retraite, mais Pouic a disparu. Nos héros se mettent en route pour le retrouver... tandis que la Team Flare surveille chacun de leurs mouvements.

Tandis que nos héros continuent à chercher Pouic après leur rencontre avec la Team Flare, des Coatox en colère les font tomber dans un précipice ! Sapereau s'élance vers Clem pour arrêter sa chute, mais il est blessé. L'Iinfirmière Joëlle dit qu'elle a besoin de Chavrifeuille, une plante médicinale, pour soigner Sapereau. Se sentant coupable, Clem s'enfuit discrètement pour aller en chercher. Les autres la rattrapent bientôt, et ils travaillent ensemble pour trouver du Chavrifeuille au sommet d'une montagne... Tandis que Pouic les observe, impressionné par la détermination de Clem. Bientôt, Sapereau est guéri... Et, alors que nos héros allaient se remettre à la recherche de Pouic, ils le découvrent sain et sauf dans la sacoche de Clem !

Dans une belle prairie, le Sonistrelle de Sacha rencontre par hasard un Chapignon, qu'il attaque avec ses spores empoisonnées. Lem n'a pas d'antidote, mais un Floette qui passait par là voit Sonistrelle en détresse et utilise Aromathérapie pour le soigner. Un brusque coup de vent emporte Floette, et Sonistrelle prend son envol pour secourir son nouvel ami...

Serena reçoit une invitation du maître de cérémonie des salons Pokémon, Jean-Paul, qui organise une soirée dansante ! Tout le monde veut s'y rendre, mais on ne peut assister au bal qu'avec un cavalier. Serena demande à Lem, plutôt nerveux, de lui rendre ce service. La rivale de Serena, Miette, propose à Sacha de l'accompagner...

Sacha et Liam livrent un combat, et Amphinobi et Jungko, maintenant évolués, sont passionnés par cette revanche ! Non loin de là, Alain, qui est en voyage pour étudier la Méga-Évolution, s'arrête pour regarder le combat, et il est très intrigué de voir qu'Amphinobi semble se transformer, juste avant de vaincre Jungko. Alain veut en savoir davantage sur les possibilités de l'Amphinobi de Sacha, et il le met au défi de combattre son Dracaufeu. Lorsque Dracaufeu méga-évolue et qu'Amphinobi change à nouveau d'apparence, le combat devient intense ! Amphinobi finit par être vaincu mais tous souhaitent en savoir plus sur cette mystérieuse transformation ! Pendant ce temps, les expériences de la Team Flare semblent progresser...

A la recherche de la Team Flare et de Pouic, la Team Rocket rencontre un Pokémon qui lui ressemble, celui que l'on connaît sous le nom de Z2. Les deux équipes s'affrontent, et Z2 change plusieurs fois de ravisseurs jusqu'au moment où il fusionne avec de nombreuses cellules pour devenir un Pokémon reptilien puissant et menaçant, dont les attaques bousculent ses ravisseurs...

Nos héros rencontrent un robot démodé qui plante des graines dans une terre aride, et son protecteur, un puissant Blindépique. Ils font la connaissance du petit-fils de l'inventeur et apprennent que Robon a reçu pour mission de faire repousser la forêt qui recouvrait autrefois la région. Mais ses efforts sont restés vains, et Robon commence à se fatiguer...

Nos héros sont à Fleurville pour le prochain Salon Pokémon de Serena, qui espère remporter sa troisième Clé de la Princesse et se qualifier pour l'épreuve des élues. Elle doit affronter la favorite de la ville : Amélia, qui fait une excellente prestation. Serena et ses Pokémon font passer l'amusement avant la perfection, et l'emportent...

Une fois n'est pas coutume, Sacha, Serena et Clem ont du mal à rester à la hauteur de Lem, qui se précipite pour assister au festival en l'honneur du Pokémon légendaire Électhor, qui arrive en lançant autour de lui de redoutables éclairs. Nos héros se réfugient dans une grotte, et y rencontrent un infirmier blessé qui leur demande d'apporter un médicament à l'hôpital...

Nos héros veulent admirer une pierre précieuse exposée dans une vitrine, mais tout est annulé lorsqu'un certain Maître des Serrures force le verrou. Ce mystérieux personnage s'attaque toujours aux serrures de Monsieur Ed, le serrurier, dont l'apprenti vient de disparaître...

Le moment est venu de l'épreuve des élues du Salon Pokémon, et les amies et rivales de Serena sont là pour participer : Sannah, Miette et Nini. Pour la première fois, les artistes vont devoir faire un spectacle par groupe de trois lors d'une épreuve libre, et celle des trois qui recueillera le plus de vote pourra continuer le concours. Dans le groupe de Nini, Jessie l'emporte tandis que Serena l'emporte sur Miette...

Lors des demi-finales de l'épreuve des élues, Serena doit affronter Jessie et Sannah afin de défier Aria et de conquérir le titre de Reine de Kalos. Tandis que Palermo l'observe, Serena fournit une magnifique prestation avec ses trois coéquipiers Pokémon...

Clem tente toujours de trouver quelqu'un pour prendre soin de son grand frère, jusqu'au jour où une jeune fille accepte. Lison cherche un associé pour succéder à son père à la tête de sa société de robotique. Elle a également un Laporeille qui semble particulièrement apprécier le Sapereau de Lem. Tout semble se mettre en place, mais Clem est terriblement malheureuse...

Le guitariste rockeur Aurèle et son Pikachu, Pikou, sont toujours à la recherche d'autres puissants dresseurs de Pikachu à combattre et la Team Rocket leur indique Sacha. Mais il est couché avec une forte fièvre et quand Aurèle se montre, Serena ne sait pas quoi faire : elle sait que Sacha est toujours prêt à combattre, mais cette fois, il a besoin de repos...

Lem se pose des questions sur les mystérieux changements qui affectent parfois Sacha et Amphinobi lors des combats, et il veut découvrir le fin mot de l'histoire grâce à la science. Il défie Amphinobi dans un combat contre son Luxray tandis que le Mini Lemrobot se livre à une analyse, mais il ne se produit rien d'inhabituel. Tandis qu'Amphinobi récupère, Alain et son Dracofeu s'arrêtent dans le même centre Pokémon et acceptent avec enthousiasme de livrer le prochain combat...

La Team Rocket trouve de délicieux macarons dans la forêt et se met à les dévorer avec enthousiasme, lorsque les bandits sont attaqués par un groupe de Brocélôme, qui pensent que ces friandises sont à eux. Mais un petit Brocélôme d'une couleur inhabituelle est accidentellement envoyé vers d'autres cieux avec eux. Le Brocélôme effrayé atterrit au milieu de nos héros, qui lui présentent de nouveaux amis et promettent de le ramener chez lui...

Après avoir entendu l'inquiétante prédiction de la championne Astera, le maître Dianthéa rend visite à Sacha et ses amis, juste au moment où Sacha et Amphinobi se livrent à un entraînement spécial. Pour en savoir plus sur les liens qui les unissent lors des combats, Dianthéa le défie, et Sacha saute sur l'occasion. Le Gardevoir de Dianthéa esquive facilement toutes les attaques, jusqu'à ce que Sacha et Amphinobi commencent à fusionner...

En chemin vers Auffrac-les-Congères, Sacha et ses amis rencontrent Liam, qui a déjà gagné son huitième Badge d'Arène. Sacha veut lui montrer ce qu'il a appris au sujet d'Amphinobi, et Liam veut lui prouver qu'il est devenu très fort. Ils décident donc de livrer un combat. Après quelques tactiques bien menées par Liam, le combat s'achève sur un affrontement entre Amphinobi et Jungko...

Sacha et ses amis arrivent à Auffrac-les-Congères, et Sacha est plein d'enthousiasme à l'idée de remporter son ultime Badge d'Arène. Urup, le champion, commence par appeler son Blizzaroi, dont le talent fait tomber la grêle sur une zone de combat déjà glacée. Brutalibré l'affronte et remporte la première victoire, puis Urup appelle son Séracrawl, que la grêle soigne quand il encaisse des dégâts...

Sacha est seul dans la forêt, après avoir été vaincu à l'Arène d'Auffrac-les-Congères. Serena va le rejoindre, mais ils se disputent et elle s'enfuit, en colère, après avoir crié à Sacha qu'il était grand temps qu'il redevienne lui-même. Peu après, une tempête se lève et Sacha s'abrite dans une grotte, en compagnie de quelques Pokémon effrayés...

Après avoir pris un peu de temps, Sacha est de retour à l'Arène d'Auffrac-les-Congères pour sa revanche avec Urup. Les choses se passent différemment lors de ce combat : Urup met Sacha au défi de livrer un combat brûlant...

Sacha et ses amis vont rendre visite à Muplodocus dans le marais où il vit à présent, lorsqu'ils rencontrent un groupe de Strassie déconcertés : un de leurs amis leur joue un tour en refusant de les rejoindre. Tout le monde participe aux recherches, mais les Strassie tombent dans un piège et deviennent des pièces d'un robot de la Team Rocket...