Serena et Clem ont bien du mal à suivre Lem. Il est pressé d'aller au Festival des mécanismes, un endroit où d'espiègles inventeurs exposent leurs créations mécaniques...

Sacha et ses amis arrivent enfin à Illumis pour la ligue de Kalos, où ils retrouvent Tierno, Trovato et Alain. Le premier appariement oppose Trovato et Alain, au cours duquel Trovato montre à quel point il a progressé. Sacha est quant à lui retenu par un adversaire obstiné...

Lors de la Ligue de Kalos, Sacha l'emporte sur Astrid et son Méga-Absol, se qualifiant ainsi pour les demi-finales, comme Alain l'a fait avant lui. Il ne reste plus qu'une place à prendre, et Tierno et Liam s'affrontent pour la conquérir ! Tierno et son Pokémon semblent en forme en entamant leur combat rythmique, mais Liam - le fin stratège - les a bien observés, et il sait à quoi s'attendre. Il a aussi sa propre arme secrète, et la Méga-Évolution de son Jungko marque la fin du combat !Liam et Sacha vont s'affronter lors des demi-finales, dans un combat à six contre six. Or Sacha ne voyage qu'avec cinq Pokémon... Mais Kalyan arrive, accompagné de Muplodocus pour compléter l'équipe !

Alain et Enzo combattent lors des demi-finales de la ligue de Kalos, et il semble évident que les deux dresseurs sont des rivaux enragés mais le Méga-Carchacrok d’Enzo ne fait pas le poids devant le Méga-Dracofeu d’Alain, et c’est Alain qui se qualifie pour la grande finale.

Sacha et Pikachu affrontent l’Exagide de Liam lors des demi-finales de la Ligue de Kalos. Liam lance un défi stratégique à Sacha, lorsque son Exagide coupe tous les arbres de la zone de combat, mais Sacha et Pikachu réussissent à retourner la situation à leur avantage et Exagide est vaincu. On assiste ensuite à deux égalités inattendues : le Bruyverne de Sacha et le Drattack de Liam se mettent mutuellement hors de combat, et la même chose se reproduit ensuite avec le Muplodocus de Sacha et le Cupcanaille de Liam !

Au cours de la journée qui précède la finale de la Ligue de Kalos qui opposera Sacha et Alain, nos héros rencontrent la jeune amie d’Alain : Martine, alors qu’elle porte secours au Marisson de Lem, qui s’était perdu ! La Team Flare se trouve également à Illumis, pour préparer une mystérieuse opération tandis que tous les yeux sont fixés sur la Ligue. Quant à Lysandre, il a des projets pour Sacha, lorsque la Ligue sera terminée. Pendant ce temps, le Professeur Platane, qui a fait des recherches sur Sachanobi, montre à notre héros un vieux manuscrit décrivant le mystérieux Phénomène du Lien, qui exige qu’un dresseur et son Pokémon entretiennent une relation particulière. Plus tard, Sacha encourage ses Pokémon pour le combat qui les attend, tandis qu’Alain s’entraîne dur avec Dracofeu. Leur mission : récolter l’énergie de la Méga-Évolution, est presque terminée...

La finale tant attendue de la Ligue de Kalos commence enfin, et Sacha va devoir affronter Alain dans un combat à six contre six ! Les deux adversaires semblent à égalité, et les défaites se succèdent de part et d’autre : Pikachu vainc Tyranocif, puis est remplacé par Bruyverne qui s’incline devant le Dimoret d’Alain. Brutalibré vainc Dimoret puis est lui-même vaincu par le Scalproie d’Alain. Ensuite, le Flambusard de Sacha et le Déflaisan d’Alain s’éliminent l’un l’autre après un spectaculaire combat aérien, réduisant les adversaires à trois contre trois.

La grande finale de la Ligue de Kalos qui oppose Sacha et Alain bat son plein, et le Dracaufeu d’Alain ne tarde pas à vaincre un Pikachu épuisé. C’est ensuite au tour du Scalproie d’Alain de vaincre Muplodocus avant de succomber devant Amphinobi. Le dernier combat, comme les deux Dresseurs l’avaient espéré, se déroulera donc entre Sachanobi et Méga-Dracaufeu X ! Les attaques et les stratégies sont rapides et efficaces, mais au final, Méga-Dracaufeu X l’emporte et c’est donc Alain qui gagne la Ligue de Kalos !

La cérémonie de clôture de la Ligue de Kalos est interrompue par des plantes géantes surgissant de partout dans le stade et menaçant même la ville d’Illumis ! Lysandre diffuse alors le message de la Team Flare : ils veulent créer un ordre nouveau, un Nouveau Monde où seuls les « élus » pourront les rejoindre ! Sacha et Alain s’élancent pour secourir Martine, mais Sacha est choqué de découvrir qu’Alain travaille avec Lysandre, et la Team Flare emprisonne Sacha au sommet de la Tour Prismatique.

Tandis que Lysandre poursuit son plan pour prendre le contrôle d’Illumis, nos héros font de leur mieux pour le vaincre. Sacha et ses Pokémon ont été capturés mais, quand Alain réalise que son travail avec Lysandre a mené à ce désastre, il les aide à se libérer. Sacha et Alain unissent leurs forces pour défier Lysandre dans un combat.

Lysandre continue à menacer le monde, mais nos héros se sont séparés et luttent sur tous les fronts ! Sacha et Alain affrontent Lysandre, tandis que Malva se range à leurs côtés. Pendant ce temps, Clem affronte le Zygarde menaçant, en chantant courageusement sa chanson à Pouic, à travers ses larmes... et l’influence de la Team Flare se dissipe au fur et à mesure que Zygarde reprend contact avec son amie.

La Team Flare semble vaincue pour l’instant—Lem a détruit le système de contrôle, même si le prix à payer a été élevé, et Alain et Sacha ont poussé Lysandre dans ses derniers retranchements. Mais en disparaissant, le bandit a promis que son monde nouveau verrait le jour…

Une étonnante assemblée de Dresseurs et de Pokémon puissants—comprenant les Champions d’Arène de Kalos et deux Maîtres—sont venus aider nos héros à arrêter la Team Flare ! Ce travail d’équipe permet à Sacha et Alain de sauver Mariss’ de la Pierre Géante, qui semble être vaincue… jusqu’à ce qu’elle surgisse à nouveau, sous le contrôle de Lysandre !

L’Arène d’Illumis a subi beaucoup de dégâts, mais tous travaillent dur pour la remettre en état. Le Lemrobot aussi est de retour, même si Lem n’a pas pu restaurer sa mémoire. Et lorsqu’un jeune Dresseur arrive à l’Arène, le Lemrobot peut vivre son premier combat Pokémon… et il en apprécie chaque minute ! Il demande à Lem de tout lui apprendre sur les Pokémon, et Lem est heureux de rétablir leur amitié.

La ville d’Illumis a presque retrouvé son état normal, et Serena a une idée pour fêter ça ! Avec l’aide du Professeur Platane, Sannah et elle organisent un spectacle ouvert à tous ! Elles sont bientôt rejointes par leur rivale de la catégorie « confirmées », Jessili, et la représentation est un grand succès ! Serena veut continuer à se produire sur scène mais hésite sur les étapes à suivre.

Après avoir ramené Muplodocus chez lui, nos héros voient soudain jaillir du sol une plante comme celles que la Team Flare avait lancées sur Illumis ! Le savant Xanthin tente de poursuivre l’œuvre de Lysandre et tente même de contrôler l’esprit de Lem ! Mais ce dernier est trop intelligent pour ça. Il se protège grâce à l’une de ses inventions, et Xanthin est arrêté. Quand une autre plante attaque nos héros, ce sont Pouic et Zygarde qui se portent à leur secours, et leur font une demande difficile.

Sacha s’apprête à prendre l’avion pour Kanto, et Serena à s’envoler pour Hoenn. Lem et Clem sont venus leur dire au revoir à l’aéroport d’Illumis mais Dedenne ne semble pas d’accord. Au moment où Clem lui dit de faire ses adieux, il s’enfuit ! Clem le réconforte avec des mots touchants sur la nécessité pour chacun d’entre eux de poursuivre leurs rêves. Vient ensuite le moment des adieux à Serena. En attendant l’avion de Sacha, Lem a une excellente idée : livrer un dernier combat, avec Sapereau et Pikachu, comme le jour de leur rencontre !

Le Professeur Platane et Alexia explorent des ruines et découvrent la statue de pierre d’une jeune femme nommée Agnès. Une légende leur revient. Le bien-aimé d’Agnès, Yann, aurait tenté de vaincre le Pokémon Destruction Yveltal. Mais c’est le jeune homme qui a été vaincu, et après avoir anéanti toute vie dans le pays et changé Agnès en pierre, Yveltal se serait transformé en cocon.