Alors que l'unité Scorpion est chargée d'empêcher un satellite de s'écraser sur Terre, Walter tente tant bien que mal de récupérer la totalité de ses facultés.
L'équipe tente de coincer un criminel de guerre serbe ayant assassiné la famille d'une vieille connaissance de Cabe. Les ennuis de Walter prennent un nouveau tournant.
Alors qu'il se retrouve derrière les barreaux pour tenter d'en savoir plus sur les manigances d'un groupe de criminels, Sylvester fait rapidement l'objet de menaces.
Walter, Cabe et Happy embarquent pour une nouvelle mission à bord d'un sous-marin sans moyen de communication avec l'extérieur, quand l'engin s'écrase au fond de l'océan.
Paige et Ralph se retrouvent piégés à bord d'un train lancé à pleine vitesse après que des cambrioleurs de haut vol ont saboté les lignes pour mener à bien leur casse.
L'unité Scorpion et les services secrets infiltrent les Nations Unies pour empêcher un ambassadeur de vendre des armes à des miliciens en lutte contre des rebelles.
L'équipe Scorpion se lance à la recherche d'un jeune hacker menaçant l'économie mondiale après avoir réussi à infiltrer le système informatique de la Réserve fédérale.
Tandis que l'équipe Scorpion brave les températures glaciales de l’Antarctique pour venir en aide à une unité des forces spéciales, Happy se perd dans le brouillard.
Sylvester tombe nez à nez avec son père qui demande à l'unité Scorpion d'empêcher un dictateur d'utiliser une arme de destruction massive datant de la guerre de 40.
L'équipe n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'une vieille connaissance de la NASA fait appel à ses services pour enquêter sur le lancement raté d'une fusée.
L'unité Scorpion tente d'empêcher des trafiquants mexicains d'utiliser des drones armés pour faire passer leur cargaison d'héroïne de l'autre côté de la frontière.
Sous prétexte d'installer un système d'audiosurveillance sur une base africaine, Cabe enquête sur les agissements d'un homme d'affaires impliqué dans un trafic illégal.
Le Département de la Défense fait appel à l'unité pour tester la sécurité d'une base militaire, quand une surprise de taille vient se mettre en travers de leur chemin.
L'unité s'aventure à Tchernobyl pour empêcher une nouvelle catastrophe nucléaire, mais les ennuis se multiplient quand Paige et Sylvester se retrouvent pris au piège.
L'équipe fait face à un ancien membre de l'unité au comportement psychotique, qui menace de s'en prendre à Toby si Walter ne lui laisse pas accéder à ses recherches.