La pression monte d'un cran quand l'équipe Scorpion découvre qu'un sous-marin nucléaire a été piraté et pourrait déclencher à tout moment les hostilités.
Pendant que Walter tente de décoder la nature des relations entre Paige et Tim, l'équipe aide un magnat de la technologie à lancer sa première fusée dans l'espace.
L'équipe Scorpion est chargée de retrouver un camarade de classe de Ralph mystérieusement disparu. De son côté, Toby tente de résoudre le mystère lié au mari d'Happy.
Une simple mission au musée d'histoire naturelle se transforme en une véritable épopée pour l'équipe quand des voleurs tentent de s'emparer de précieux joyaux.
L'équipe Scorpion s'enfonce dans les méandres de la Terre dans l'espoir d'empêcher des chauves-souris porteuses d'un terrible virus d'infecter tout l'écosystème.
Walter est appelé à l'aide quand une femme se retrouve prise au piège dans le goudron. Pendant ce temps, Ralph reçoit les conseils de la mère de Paige.
L'équipe Scorpion n'a d'autre choix que d'utiliser une méthode controversée pour éviter la catastrophe. Pendant ce temps, Paige tente de se concentrer sur son travail.
Quand l'équipe se retrouve malgré elle au centre d'activités illégales, Paige met en pratique les talents d'escroc de sa mère pour tenter de sauver la situation.
Coincés dans une réserve mondiale de plantes construite au beau milieu du Groenland, Happy, Sylvester et Cabe sont victimes de terribles hallucinations.
L'équipe Scorpion est chargée de concevoir un nouveau type d'éolienne, mais quand Paige et Happy se retrouvent en difficulté, leurs amis se lancent à leur rescousse.
Une équipe de scientifiques se retrouve piégée dans un biodôme sur le point de s'effondrer. Toby et Happy évoquent l'avenir. Walter et Paige organisent chacun leur fête.
En route pour la lune de miel de Toby et Happy, l'avion de l'équipe s'écrase sur une île déserte, laissant aux naufragés peu de chances d'être secourus.
Toujours coincés sur leur île, les membres de l'équipe peinent à élaborer un plan de survie, tandis que la saison des pluies exacerbe les tensions au sein du groupe.