Shinichi Kudô est un élève de première, féru d’énigmes, dont le sens de la déduction permet d’épauler la police dans bon nombre d’enquêtes. Lors d’une journée au parc d’attractions avec Ran Mouri, il surprend d’étranges hommes vêtus de noir qu’il devine être des maîtres chanteurs. Afin de le faire taire à jamais, il ingurgite un poison expérimental qui le fait rajeunir… Aidé par son voisin, le Dr Agasa, inventeur génial et farfelu, il décide de partir à la recherche de l’organisation secrète dont il a été victime. Cachant désormais sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa, un enfant de 7 ans, Shinichi se réfugie chez Ran, dont le père est détective. Le Sherlock Holmes moderne peut maintenant entrer en scène !
#301 L'affectation du bonheur et du malheur (1)
Date de diffusion : lundi 25 novembre 2002
25min
Alors qu'ils assistent à un défilé célébrant des stars du football, les Detective Boys sont pris dans une affaire d'attentat à la bombe. L'inspecteur Sato semble particulièrement affectée par l'affaire, qui lui rappelle la mort de son collègue l'inspecteur Matsuda, 3 ans plus tôt. La relation naissante entre Takagi et Sato semble compromise par le souvenir du défunt Matsuda.
#304 Le quartier général de police tremble – Douze millions d'otages
Date de diffusion : lundi 6 janvier 2003
1h 40min
Quelques temps après les attentats à la bombe pendant la parade de football, une autre bombe est détonné, blessant gravement l'inspecteur Shiratori au passage. Le coupable vise directement les forces de police, et semble être le même qui prit la vie de l'agent Matsuda, 3 ans plus tôt. Au péril de leurs vies, Conan et l'inspecteur Takagi mènent l'enquête.
Invité au tournage d'une série policière, Kogoro l'Endormi tombe sur une affaire d'homicide bien réelle. Mais la présence d'une amie d'enfance du grand détective sur le plateau force Conan à adapter sa méthode de résolution.
Lorsqu'un célèbre développeur de jeux-vidéos disparait, c'est à l'agence de Detective Mouri que l'on demande de mener l'enquête. Au cours de celle-ci, Conan découvre que cet homme avait des liens avec l'organisation des hommes en noir, et parvient à mettre la main sur des informations qui peuvent s'avérer capitales.
#309 Contact avec l'organisation des hommes en noir (1 : Les négociations)
Date de diffusion : lundi 10 février 2003
25min
Après avoir récupéré des informations d'un homme ayant travaillé avec l'organisation des hommes en noir, Conan décide, avec le professeur, de leur tendre un piège. L'identité de Shuichi Akai lui est aussi révélée par Ran, qui l'avait croisé à New York. Y aurait-il un lien entre ses deux entités aussi mystérieuses que dangereuses ?
#312 Le festival des poupées au soleil couchant (1)
Date de diffusion : lundi 3 mars 2003
25min
Conan et les Detective Boys résolvent une affaire de vol mystérieux chez une vieille femme voulant offrir à Ayumi une collection complète de poupées. La résolution de l'enquête est facilitée par l'enquêteur de la troisième division Momose.
Alors que Kogoro est invité à un match de catch pour en faire la promotion, l'un des lutteurs est assassiné. C'est au détective Kogoro l'Endormi de résoudre l'énigme du luchador masqué.
#323 Situation désespérée pour Heiji Hattori ! (1)
Date de diffusion : lundi 9 juin 2003
25min
Heiji et Kazuha étaient censés venir à l'agence Mouri pendant une visite à Tokyo, mais sont en retard de plusieurs heures. Inquiets, Ran, Conan et Kogoro partent à leur recherche, sans savoir qu'ils sont retenus contre leur gré par une bande de malfrats. Mais Heiji arrive à envoyer des indices codés à Conan.
#325 Le cheval rouge dans les flammes (1 : Le meurtre)
Date de diffusion : lundi 23 juin 2003
25min
Heiji, Kogoro et Conan enquêtent sur un pyromane qui sévit dans Tokyo. Sur les lieux de ses crimes, un cheval rouge est retrouvé de façon systématique. L'affaire se complique quand un homme perd la vie dans l'un de ces incendies criminel. Ils vont recevoir de l'aide de l'inspecteur Yuminaga, spécialiste des enquêtes sur les incendies criminels.
#329 Une amitié qui ne peut être achetée avec de l'argent (1)
Date de diffusion : lundi 28 juillet 2003
25min
Le professeur Agasa et les Detective Boys partent camper dans les montagnes. Sur le chemin, Conan en apprend un peu plus sur le passé de Haïbara. Ils partagent un repas, puis une soirée avec un groupe d'étudiants, mais un cadavre est découvert.