Au ranch, le cheval Tornade se remet d’une blessure après que Rigel l’a soigné avec un amour et un dévouement exemplaires. À la tête d’un commando de quatre soldats cybernétisés, Horos entreprend un raid souterrain contre le Centre. Une première tentative échoue de peu, Horos passe alors à la deuxième phase de son plan. Il tend un traquenard à Rigel et se débarrasse de lui en le précipitant dans un ravin. Il ordonne ensuite à Cyber 4 de prendre l’apparence de Rigel et de se mêler aux habitants du ranch. Interloqué par le comportement étrange de son « père », Mizar fait part de ses inquiétudes à ses proches, mais l’imposteur parvient à leur donner le change, jusqu’au moment où Alcor et Phénicia découvrent le vrai Rigel blessé au fond du ravin. C’est à ce moment que les trois autres Cyber lancent une attaque-suicide et réussissent à détruire le générateur principal du Centre.

Pour des raisons encore inconnues, deux avions de chasse et un train sont détruits par de violentes explosions. Mizar recueille un cygne malade et supplie Procyon de le soigner. Alors que la Patrouille des Aigles est sur le point de décoller pour aller combattre un golgoth qui ravage la ville, le professeur découvre un puissant explosif au lasernium dans le bec de l’animal. Il fait aussitôt le lien avec les mystérieux accidents, mais aussi avec l’inhabituelle présence de nombreux cygnes aux alentours du Centre, et comprend qu’il s’agit d’une nouvelle ruse de Véga. Il ordonne aux Aigles de ne pas bouger et à Actarus de sortir par l’une des routes les plus éloignées du Centre et d’attirer les cygnes à lui. Le stratagème fonctionne : les oiseaux robotisés se ruent à la poursuite de Goldorak, laissant à Alcorak, Vénusiak et Fossoirak le champ libre pour décoller sans risques. Après avoir éliminé les cygnes un à un, Actarus se joint à ses coéquipiers pour faire un sort au golgoth.

Alizée , une jeune et brillante scientifique extraterrestre, a réussi à créer un rayon glaciateur. Elle et son frère Zéphyr, à présent décédé, caressaient le rêve de pouvoir refroidir des planètes en fusion pour les rendre habitables et fertiles. À l’origine conçue pour répandre la vie, cette invention est immédiatement détournée à des fins militaires par le grand Stratéguerre, qui ordonne à Alizée de se rendre sur Terre et d’utiliser son glaciateur contre Goldorak. Contrainte d’accepter cette mission, elle tente de piéger Actarus mais échoue. Blessée, elle est transportée au Centre, où tous prennent soin d’elle. Alizée s’émeut d’être traitée avec une telle bienveillance par ses hôtes, ignorant que celui qu’elle est censée tuer se trouve parmi eux. Actarus et Alcor partent à la recherche du vaisseau-laboratoire d’Alizée, dissimulé quelque part dans la montagne.

Véga teste une nouvelle bombe extrêmement puissante en faisant sauter une île en plein milieu du Pacifique. Parti inspecter le site de la catastrophe à bord de Vénusiak, Alcor est pris à partie par des navettes et secouru par Goldorak. Profitant de l’absence des deux pilotes, Minos envoie un golgoth attaquer la capitale. La monstrueuse araignée géante dépose en plein cœur de la ville une bombe similaire à celle qui a désintégré l’île quelques heures plus tôt. Minos prend contact avec le professeur Procyon et lui donne cinq minutes pour lui livrer Goldorak, faute de quoi, la bombe explosera, tuant douze millions de personnes. Les Aigles décident de tenter le tout pour le tout. À l’issue d’un combat particulièrement violent, durant lequel Vénusia est blessée et Fossoirak gravement endommagé, ils arrivent à défaire le golgoth. Ne disposant plus que de quelques secondes, Actarus s’empare de la bombe et la transporte à pleine vitesse au-dessus de l’océan, où elle explose.

Horos projette de faire sauter une centrale nucléaire de manière à supprimer toute présence humaine dans la région. Trop bien défendu, l’édifice ne pourra être détruit qu’en y infiltrant des agents qui y placeront des explosifs. La mission en est confiée au commandant Sadon █, qui estime cette tâche indigne de lui alors qu’il ne rêve que d’en découdre avec Goldorak. Une nuée de missiles est envoyée en direction de la ville. Les Aigles décollent aussitôt et les éliminent un par un. Alcor est le seul à remarquer que l’un des missiles, plus rapide, a changé de cap. Il se lance à sa poursuite et réussit finalement à l’abattre. Horrifié, il voit la carcasse de l’engin s’écraser sur une maison, blessant grièvement ses occupants.

Un violent séisme fait émerger un volcan sous-marin, dévoilant du même coup la présence d’une base de Véga située sur son flanc. Horos et Minos envoient en urgence un golgoth pour la détruire et en effacer toute trace. Chargés d’inspecter le secteur, Alcor et Phénicia sont pris à partie par le golgoth, mais parviennent néanmoins à s’échapper. Actarus et Vénusia se rendent à leur tour sur les lieux, affrontent eux aussi le golgoth et se retrouvent dans une situation critique, au grand désespoir de leurs amis impuissants à les aider. Immobilisés au fond de l’océan, menacés de manquer bientôt d’énergie et d’oxygène, Actarus et Vénusia tentent une manœuvre désespérée et remportent le combat.

Pour stopper l’envoi d’engins explosifs contre le Centre, la Patrouille des Aigles est amenée à combattre au-dessus de l’océan. Lancés à la poursuite d’un transporteur de navettes, Goldorak et Vénusiak s’assemblent et plongent. Ils sont assaillis par un golgoth et un antérak, auxquels ils parviennent néanmoins à échapper. Pour le professeur Procyon, l’intention de Véga est claire : attirer Goldorak dans les grands fonds car celui-ci, même avec Vénusiak, ne peut descendre plus bas que 400 mètres sans être écrasé par la pression de l’eau. Pour compenser ce point faible, Procyon travaille à la mise au point d’Aquarak, un véhicule sous-marin qui permettra à Goldorak d’évoluer à des profondeurs bien plus grandes. En attendant que l’engin soit terminé, il défend aux Aigles de se servir de leurs appareils habituels. Une nouvelle attaque a lieu.

Après la destruction de la base sous-marine (v. ép. 67 – Opération Plongée), Horos est resté sur Terre et travaille déjà à établir un nouveau quartier général, cette fois dans une région montagneuse. Blessé et trop affaibli pour superviser lui-même les opérations, il en confie la direction à Cyrus, un habitant d’Euphor à présent enrôlé dans les forces de Véga. Dans un premier temps, le jeune homme a pour mission de neutraliser discrètement la base militaire située non loin de là. Profitant de la violente tempête de neige qui sévit dans le secteur, il envoie un golgoth effectuer ce travail. Mais Rigel, qui se trouvait dans la région pour y acheter des chevaux, aperçoit le monstre et le photographie. Repéré et pris en chasse par les hommes de Véga, il échappe à ses poursuivants et prévient le Centre.

Isolée et presque à court d’énergie, la soucoupe amirale d’Horos se dissimule dans les régions polaires, traquée sans relâche par les forces militaires terriennes. Afin de pouvoir regagner le Camp de la Lune Noire, Horos a demandé qu’on vienne le ravitailler en carburant. Il ignore que l’homme qui s’est porté volontaire pour cette mission n’est autre que son propre fils, appelé lui aussi Horos. Lorsque l’antérak du jeune guerrier pénètre dans l’atmosphère, Goldorak vient l’intercepter et est rapidement mis en sérieuse difficulté par une arme inédite : une aurore artificielle hautement radioactive. À contrecœur, le jeune Horos est obligé de rompre le combat et de s’occuper en priorité de sa mission de ravitaillement. Arrivé à bord, il a la mauvaise surprise de voir son père lui réserver un accueil glacial et lui ordonner de retourner au plus vite sur la Lune.

Une nuit, Phénicia a l’effrayante vision de son père, le roi d’Euphor, séquestré dans une caverne et torturé par Minas. Dans une sorte de somnambulisme, elle entreprend de partir à son secours, mais elle est stoppée de justesse par Actarus et Alcor. Cette vision n’était autre qu’une suggestion hypnotique induite par la machiavélique Minas, qui charge ensuite le commandant Cocyte de revêtir l’aspect du roi d’Euphor et d’effectuer une sortie à bord d’un antérak, en ayant soin de montrer son visage à Phénicia. S’ensuit un bref combat, au cours duquel Actarus est blessé, et qui laisse Phénicia hantée par la conviction que son père est toujours vivant et qu’il a besoin de son aide. Pour la libérer de cette obsession, Alcor confronte Phénicia au faux roi d’Euphor, dont il a retrouvé la trace. Bien que l’imposteur ne se montre guère convaincant, Phénicia persiste à croire qu’il s’agit de son père.

Après une longue errance dans l’espace, Pollux arrive au Camp de la Lune Noire à bord d’un vieil antérak. Prince héritier de la planète Pallas, dévastée par les forces de Véga, Pollux était jadis le meilleur ami d’Actarus. Mais de cette fraternelle amitié, il ne garde à présent plus aucun souvenir : un puissant lavage de cerveau, opéré par le grand Stratéguerre lui-même, l’a persuadé que le prince d’Euphor est le criminel qui a ravagé Pallas. Après l’avoir nommé général en chef, Véga l’expédie sur Terre avec la mission de détruire Goldorak. Minos et Horos s’inquiètent qu’une telle confiance soit accordée à un homme qui, s’il recouvrait la mémoire, ne manquerait pas de se retourner contre eux. Machiavélique, le grand Stratéguerre a prévu cette éventualité : l’insigne de général que Pollux porte désormais au bras contient une micro-bombe qui peut à tout moment être activée à distance. Alors qu’ils effectuent une patrouille de routine, Actarus et Alcor sont attaqués par l’antérak.

Après avoir appris que le prince d’Euphor est toujours en vie, Végalia, la fille du grand Stratéguerre, se rend au Camp de la Lune Noire. Jadis fiancée à Actarus, dont elle est toujours éprise, la jeune femme rêve de mettre fin à la guerre. Ayant découvert qu’Euphor est en train de redevenir habitable, elle suggère à son père de conclure une trêve avec Actarus et d’aller s’y installer, rendant ainsi la conquête de la Terre inutile. Véga refuse catégoriquement et demande à Horos de la raisonner, lui promettant en retour la main de sa fille s’il y parvient. Obstinée, Végalia décolle en direction de la Terre, décidée à faire part de son projet à Actarus. D’abord incrédule et méfiant, ce dernier se laisse peu à peu gagner par l’émotion de revoir son ancien amour. En outre, la perspective de retourner un jour sur Euphor et d’y bâtir une nouvelle vie éveille en lui un immense espoir. Mais soudain, un terrible fracas met fin à leur conversation : Horos a suivi Végalia et passe à l’attaque.

Chapitre final, première partie.Grâce aux indications fournies par Végalia (v. ép. 72 – La princesse amoureuse), la localisation exacte du Camp de la Lune Noire est maintenant connue et confirmée par un satellite-espion qui transmet au Centre les toutes premières images de la base de Véga. La mise au point par Procyon du Cosmorak, un triple vaisseau capable de combattre hors de l’atmosphère terrestre, semble annoncer clairement que l’affrontement final est pour bientôt. Mais Actarus n’entend pas attendre que Cosmorak soit prêt et projette secrètement d’aller attaquer seul le Camp de la Lune Noire et, au besoin, de se sacrifier. Au cours des jours suivants, il savoure pleinement chaque moment passé en compagnie de ses proches, leur témoignant des marques d’affection, de gratitude et de confiance qui finissent par intriguer Alcor, tant elles ressemblent à des adieux. Lors d’une patrouille de routine, un antérak piloté par Minas surgit et foudroie Alcorak…

Attaqués par surprise, Actarus et Alcor sont sévèrement malmenés par l’antérak de Minas. Pendant que les Aigles victorieux s’en retournent au bercail, dans la tête de l’antérak demeurée intacte, Minas a une âpre discussion avec Minos. Excédée, elle se débarrasse de son alter ego en lui administrant une décharge électrique et, désormais libre d’agir à sa guise, prend contact avec le Centre. Au professeur Procyon médusé, elle annonce son intention de tuer le grand Stratéguerre et demande qu’en échange lui soit accordé le droit de se réfugier sur Terre. De retour au Camp de la Lune Noire, Minas met aussitôt son projet à exécution et brandit un pistolet en direction de Véga. Minos se réveille et fait dévier le tir. Il saisit l’arme, la retourne vers le demi-visage de Minas et tire. Tandis que sa contrepartie féminine meurt dans un grand cri, Minos s’écroule, lui-même mortellement atteint. Actarus et Phénicia font leurs adieux aux Terriens puis repartent peupler leur planète