Alors que les tortues sont au cinéma, Shredder interrompt une conférence de presse afin de s'emparer d'un nouveau médi-laser. Il s'agit du seul appareil qui permet de ramener le Technodrome sur Terre...
Les tortues participent à une émission télévisée pour convaincre les humains de leurs bonnes intentions. Pendant ce temps, Krang vole un robot et du Solarbenite dans un entrepôt militaire...
Tandis que les tortues préparent l'anniversaire d'Irma, Shredder extrait un isotope d'Exaboron d'une météorite qui s'est écrasée sur Terre. Krang utilise cette substance pour élaborer un rayon Eélargisseur...
Shredder donne des armes laser ultra-modernes au gangster Tony Vivaldi, dit «le Boucher», et à ses acolytes. Shredder veut que le Boucher trouve la statue du Hamster maltais à son image, dans laquelle est cachée la formule du fuel ultime pour le Technodrome...
Burne est en quête d'un bon reportage. Il souhaite prouver à April qu'il est capable de trouver des scoops, après l'avoir accusée de ne pas être compétente...
Lors d'un alignement de la Terre, de la Lune et des étoiles, Shredder vole des Cristaux de Capsidium. Krang espère qu'en focalisant la lumière générée par cette rencontre sur les cristaux, un courant d'énergie soulèvera le Technodrome des entrailles de la Terre...
April écrit un article sur les problèmes que posent les rats en ville. Le roi des rats se venge et la kidnappe. Splinter et les tortues tentent de la libérer...
Les tortues voyagent au centre de la Terre et découvrent un monde préhistorique, perdu et intact. Cet habitat souterrain est toujours vivant grâce à un objet en cristal qui rayonne comme un soleil...
L'empereur Aleister et sa fille, la princesse Mallory, viennent du royaume de Malacuria, où se trouve un vaste dépôt de lydium 90, la plus puissante source d'énergie du monde. Krang ordonne à Shredder de kidnapper Mallory, qui se trouve être le sosie d'April...
Dans un laboratoire militaire expérimental où se déroule la démonstration d'un super laser, la foule est surprise par l'arrivée de MACC, un robot de l'année 2399. Celui-ci, qui a visionné trop de westerns, s'exprime comme un cow-boy...
Krang détecte l'existence d'un métal étrange qui pourrait l'aider à conquérir la Terre. Or ce métal se trouve sur une épée ninja que les tortues ont acheté à Splinter...
Krang tente de liquider les tortues en propulsant de l'eau dans l'écorce de la Terre, grâce à une puissante pompe à eau. La pompe assèche rapidement l'océan.
Leonardo ne supporte plus le stress lié à sa position de leader et quitte la bande. Pendant ce temps, Krang et Shredder utilisent leur siphon solaire afin de détourner l'énergie du soleil...
Après avoir reçu un coup sur la tête, Leonardo devient confus. Il se prend pour d'Artagnan et s'imagine que les autres Tortues sont les trois mousquetaires...
A l'aide du synthétiseur holographique, Shredder crée un sosie de Michelangelo. Il le programme dans le but d'envahir le territoire des vraies tortues...
Donatello et Rocksteady sont atteints par des ondes et se retrouvent dans un vaisseau spatial. A l'intérieur, ils font la connaissance de Nikto, un petit extra-terrestre qui voyage avec ses parents...
Dans le but de voler l'énergie nucléaire d'un sous-marin, Krang crée un philtre d'amour qui engendre le mal d'amour chez toutes les tortues de la bande, sauf Donatello...
Des produits chimiques se mélangent suite à un accident de train. Le Mutagen, la mixture qui en résulte, est absorbée par des boeufs qui ne tardent pas à se transformer en monstres...
A l'aide d'un appareil hypnotique, Shredder transforme tous les P-DG de la ville en zombies. En fait, le plan vise à extraire le Technodrome du centre de la Terre...
Afin de repérer, puis détruire le camp des tortues, Shredder ouvre une pizzeria. Lorsque les tortues commandent une pizza, Shredder y cache un détecteur déguisé en anchois...
Shredder tente d'obtenir de l'aide du spectre de Shibano-Sama, un grand guerrier qui a vécu il y a plusieurs centaines d'années, afin d'anéantir les tortues...