Envoyée en reportage, April O'Neil est menacée par Rocksteady. Secourue par Donatello, Raphaël, Michelangelo et Leonardo, les jeunes tortues ninja, elles les suit dans leur demeure souterraine...
L'idole de Donatello, le savant fou professeur Willard W. Willard, invente l'intensificateur moléculaire. Cette machine permet de contrôler la croissance des organismes vivants. Krang ordonne à Schredder de la récupérer. Au cours d'une démonstration, un dysfonctionnement de l'appareil répand sur le sol du laboratoire un flot de rayons ultraviolets qui influent aussitôt sur la végétation ambiante, transformant la ville en une véritable jungle...
Michelangelo rêve qu'il est sur le point de se faire attaquer par Tyranno-toy. Il se réveille au moment où April annonce l'ouverture de la grande foire aux jouets...
Depuis le musée de la ville, April O'Neil fait un reportage sur une exposition d'objets provenant de la dynastie chinoise Ying. Des soldats de marbre protègent des voleurs la perle la plus grosse de la collection de l'empereur. Schredder et Krang conspirent afin de transformer les statues en une armées d'esclaves invincibles...
Alors que la planète se réchauffe, Krang et Schredder menacent de l'exposer à de pires conditions climatiques. Miyoko, la mère de Schredder, insiste pour seconder son fils dans son combat...
Les Neutrinos se font attaquer et leurs leaders, Zenter et Grizzla, sont capturés par Schredder. Pour obtenir la protection des Tortues, Zenter et Grizzla envoient leur bébé Tribble sur Terre...
Des objets appartenant aux tortues Ninja sont volés. April et Irma se lancent à la poursuite des voleurs et leur enquête mène jusqu'au domaine du collectionneur milliardaire Monroe Q. Flem...
Le bruit court qu'Oswald Dren, un étudiant, a mis au point le Vitaliseur, une substance expérimentale qui donne vie aux objets inanimés. Aussitôt, Schredder, Krang, Bebop et Rocksteady établissent un plan pour voler la potion...
Le «Personal Energy Projector» est une machine qui permet les transferts d'énergie d'une source vers une autre. Un vendeur parvient à allécher Krang et à lui vendre son matériel. Ce dernier vide la Terre de son énergie...
Krang menace de pulvériser la ville grâce à une arme qu'il a inventée. Mais l'instrument de musique de Howie provoque des interférences et le bon fonctionnement de l'appareil est perturbé...
Une invitation d'April conduit les tortues, Irma et son ami Howie au Floxy Music Hall. Pendant ce temps, Schredder, Krang, Rocksteady et Bebop s'efforcent de vider la Terre de toute énergie...
Les tortues sont en compétition contre Bruce Bent, l'homme-gadget, qui s'auto-proclame «grand héros du passé». Avec l'aide de Schredder, il tente de capturer les tortues...
Alors que les tortues dînent tranquillement, Michelangelo et Leonardo sont soudain transformés en enfants de cinq ans. C'est la dernière invention de Schredder, un sérum de jouvence...
Les tortues interviennent pour sauver un homme poursuivi par deux autres hommes. Au cours du combat, un cristal tombe à travers une grille. Or, il s'agit d'une dernière découverte scientifique qui sera une catastrophe en de mauvaises mains...
Alors que Raphaël regarde son émission préférée à la télévision, il reçoit un coup de téléphone d'April lui apprenant la disparition des comédiens de la chaîne du rire en plein milieu de leur show...
Les tortues se retrouvent sans moyen de communication avec leur amie April et le jeune Zach. Au même moment, Zach assiste à l'arrivée de Bebop et Rocksteady, venus pour voler le rayon d'anxiété...
Raphaël a gagné une place pour assister à une soirée déguisée sur un bateau. Trop heureux, il décide d'y aller sans costume, étant déjà déguisé en tortue ninja...
Donatello invente une machine qui fabrique de la pâte à pizza, pour le plus grand plaisir de ses amis. Mais la machine montre des signes de faiblesse et se transforme en lanceur de pâte...
Schredder convainc Lotus Blossom de combattre les tortues pour entrer en possession de l'urne funéraire de Chakahachi, un vieux mage japonais. Le combat s'engage et l'urne se brise, libérant l'esprit du magicien...
Le docteur Polidorius met au point un plan machiavélique afin de détruire le monde. Il créé un homme-poisson grâce à son accélérateur d'évolution, qui dépose des explosifs à travers la ville...
Meet Bugman est le héros de Michelangelo depuis toujours. Il a de sérieux ennuis. L'électrozapper est sur le point d'envoyer au monde une décharge électrique fatale...
Krang et Schredder font enlever Buffy, la fille de Shellhammer. Ils cherchent à obtenir la formule du carburant mis au point par Shellhammer pour sa super fusée...
Un biologiste fou, docteur Lesseau, enlève des animaux dans le zoo de la ville et s'en sert comme cobayes pour son laser mutant. Il met la main sur Raphäel, Donatello et Leonardo pour sa galerie des horreurs...
April et Vernon cherchent un scoop pour Channel 6. Le défi lancé aux tortues par Schredder convient, mais il s'agit d'un piège et tous se téléportent sur le Technodrome...