Le téléporteur de Shredder crée de l'interférence et gêne la réception transdimensionnelle de Donatello. C'est ainsi que Usagi Yojimbo, un lapin samouraï du 14e siècle, apparaît dans l'écran des tortues...
Tête de Cuir, l'alligator cajun, descend dans les égouts à la poursuite des tortues, et tombe face au roi des rats. Ce dernier a récemment volé un camion citerne rempli de poison, qu'il a l'intention de changer en gaz hypnotique...
Shredder capture Irma et crée un robot à son effigie qu'il programme pour détruire les Tortues. Ce robot sème bientôt la panique en ville et les Tortues doivent parvenir à le neutraliser...
Les Neutrinos sont de retour sur Terre, à la recherche du Grybyx, l'animal favori de Kala, une petite créature qui peut se transformer en monstre à volonté...
Krang réalise que le Technodrome n'a presque plus d'azote liquide, sa principale source d'énergie. Il existe une formule en dimension Z, qui permet de transformer du pétrole en azote liquide...
Shredder, un démon vêtu de noir et maître en arts martiaux, fait régner la terreur sur la ville. Seule une bande de quatre joyeuses tortues a le courage de l'affronter.
Afin de se venger d'avoir été transformé en mouche, Baxter livre un cristal de Borellium à Krang et Shredder pour leur Technodrome, qui peine à se propulser...
Le Technodrome risque de perdre toute sa puissante. Shredder tente par tous les moyens de remédier à cette situation dramatique pour son propre avenir...
Grâce aux cellules de fuel des missiles, Krang et Shredder font démarrer le Technodrome et l'amènent au centre de la Terre, dans l'espoir de conquérir la planète...
Envoyée en reportage, April O'Neil est menacée par Rocksteady. Secourue par Donatello, Raphaël, Michelangelo et Leonardo, les jeunes tortues ninja, elles les suit dans leur demeure souterraine...