Donatello propose à Irma de jouer avec elle les étudiants d'un jour. Une fois à l'université, les deux amis découvrent que le professeur Sopho envoie valser ses habitants dans l'espace...
Schredder engage le gangster Big Louis pour trouver les boutons de manchette explosifs de Cathay. Les tortues s'en mêlent en secret afin de faire échouer le complot...
Le plus vraisemblable des jeux vidéo, «La vengeance de Tempestra», fascine Leonardo. Alors qu'il s'apprête à battre la machine virtuellement, un court-circuit électrique donne vie à Tempestra...
Maître Splinter disparaît en conseillant aux tortues de se séparer, pour évoluer seules. A ce moment, le roi des rats fabrique des rats et des alligators androïdes...
En tentant de voler leur personnalité, Little Huey inverse le cerveau de Raphaël et celui d'Oscar, le chauffeur de taxi. Aucun ne sait ce qu'il s'est passé...
Les efforts de Donatello pour entrer en contact avec des êtres vivants dans la nébuleuse de la Tortue sont payants. Il transporte accidentellement sur Terre un voyageur de l'espace, le lézard Algy. Pendant ce temps, un vaisseau spatial kidnappe April...
Lorsque Bebop et Rocksteady font échouer une expérience de mutation, Krang découvre que la matière obtenue engendre des insectes de taille géante. Schredder envoie un échantillon sur Terre...
Désespéré de trouver un jour un acolyte à la hauteur, Schredder fabrique lui-même des serviteurs sur qui il peut compter. Il utilise alors l'activateur de particules cérébrales de Krang...
Lors d'un reportage dans la région agricole de High Falls, April découvre les manigances du docteur Davens. Ce botaniste entend mettre la main sur toute la production alimentaire de la ville, en cultivant des légumes géants...