Sacha et Ondine s'inscrivent au tournoi Tourbillon, qui aura lieu dans trois mois.

Nos héros vont sur une île de Dodu Roucool, dont le rêve de l'un d'entre eux (le plus petit) est de voler le plus haut possible !

Nos amis aident à escorter des Loupio jusqu'à l'océan.

Ondine capture un Coraion.

Nos amis aident une fille à retrouver l'aile d'argent au fond de l'eau.

Phase éliminatoire du tournoi Tourbillon, Ondine et Sacha sont qualifiés.

Sacha échange son Macronium contre son Krabboss, car ce dernier est de type eau. Sacha et Ondine remportent leurs premiers matchs et se retrouvent adversaires pour le second.

Ondine gagne son match contre Sacha grâce à Psykokwak, mais elle perd celui contre Trinitie. Quant à Trinitie, elle finit seconde dans le tournoi.

Alors qu'ils avaient creusé un trou pour piéger Sacha et ses amis, la Team Rocket tombe à son tour dans un trou. Les autres sont tombés dans un autre trou, creusé par des Taupiqueurs, et non par la Team Rocket.

Nos amis aident un homme à demander une femme en mariage.

Nos amis retrouvent Ritchi et Sparky (Pikachu). Ils vont sur une île et découvrent un Pokémon mystérieux, qui est en fait le Pokémon légendaire Lugia, mais la Team Rocket arrive (l'équipe Cassidy et Butch) et réussit à capturer le bébé Lugia (nommé Silver).

Nos héros aident le grand Lugia à retrouver son fils, que la Team Rocket a en sa possession. Mais Cassidy et Butch se servent de Silver pour attirer le grand Lugia. Malheureusement, ils parviennent à s'emparer de ce dernier et enferment nos amis.

Jessie et James tentent de voler le grand Lugia. Dans leur combat contre Cassidy et Butch, ils libèrent le grand Lugia (qui les envoie vers d'autres cieux). De son côté, Sacha et ses amis se libèrent et vainquent des sbires de la Team Rocket. Ils combattent ensuite l'Élektek enragé du Professeur Namba et parviennent à libérer Silver.

Manquant le bateau qui leur permettrait de se rendre à Oliville, nos amis rencontrent un vieil homme qui leur propose de s'y rendre en vol. Entre temps, il sauve la Team Rocket d'une tempête. Ces derniers décident de se la jouer gentils pour une fois.

Sacha gagne son sixième badge de Johto, le badge Minéral, contre Jasmine (Type Acier).

Sacha accepte de confier Bulbizarre au professeur Chen pour lui permettre de faire cesser les hostilités entre les Pokémon plantes et les Pokémon eaux depuis l'arrivée des Pokémon migrateurs.

Nos amis retrouvent Sakura et ses sœurs. Alors que ses sœurs vont à un cours de danse, la Team Rocket réussit à capturer quatre évolutions d'Évoli (Aquali, Voltali, Pyroli et Noctali). Jessie se rend alors compte qu'il leur manquent un Mentali et décide de retourner le capturer. Mais Sakura avait prévu le coup et utilise Mentali comme appât. Ainsi, nos amis découvrent où se cache la Team Rocket et sauvent les Pokémon capturés.

Nos amis apprennent une légende selon laquelle le Pokémon légendaire Ho-oh reviendrait lorsque les quatre cloches de cristal du dernier étage de la tour se mettraient à sonner. Mais la Team Rocket les dérobe. En voulant les faire sonner, Jessie en brise une (en fait, elles ne sonnent que pour annoncer l'arrivée du majestueux Pokémon, pas pour le faire venir, alors elle n'avait aucune chance) provoquant la colère des Pokémon. Mais, grâce à Suicune, tout rentre dans l'ordre.

Apprenant que Régis participe à une course, Sacha décide d'y participer également. En gros, les dresseurs sont sur un skate board et se font tirer par leur Pokémon. Le gagnant est celui qui va chercher un œuf et qui le ramène à la ligne d'arrivée ! Pendant la course, l'Arcanin de Régis se fait capturer par la Team Rocket. Sacha va donc le libérer. Par la suite, James découvre des œufs qu'il décide de voler, mais Macronium les reprend. Malheureusement, il se fait battre par Arbok. Finalement, Régis se débarrasse de la Team Rocket grâce à Arcanin, et la course se poursuit. C'est Sacha qui gagne la course et il reçoit un œuf puisqu'il a sauvé les autres.

La Team Rocket tente de voler l'œuf de Sacha, mais Togepi fait échouer leurs plans en téléportant l'œuf dans la forêt, où il est retrouvé par un Kangourex. L'agent Jenny décide donc de mener une enquête pour découvrir qui a volé l'œuf, s'inventant des scénarios improbables. Finalement, l'enquête conduit dans la cuisine, où se trouve la Team Rocket. Sacha et ses amis suivent ensuite les traces de la Team Rocket, qui s'est enfuie, et arrivent dans la forêt où ils découvrent le Kangourex qui avait trouvé l'œuf de Sacha. Après avoir vérifié que l'œuf est bien à Sacha, le Kangourex le lui rend.

L'œuf de Sacha finit par éclore en Phanpy. Lorsque Team Rocket intervient pour tenter de le capturer, Pikachu utilise une attaque éclair pour s'en débarrasser. Mais l'attaque atteint également Phanpy, qui s'enfuit et finit par retrouver la Team Rocket. Celle-ci l'utilise pour réussir à capturer Pikachu, mais les deux Pokémon parviennent à s'enfuir. Plus tard, la Team Rocket revient à la charge, mais Phanpy ne se laisse pas avoir et s'en débarrasse lui-même.

Apprenant qu'ils ont été virés de la Team Rocket, Jessie et James tentent le tout pour le tout afin d'être réengagés. Ils doivent alors capturer le Pokémon d'un dresseur, et le hasard veut que ce soit le Pikachu de Sacha. Utilisant le Cadoizo qu'un agent recruteur de la Team Rocket lui a confié, Jessie réussit à prendre le dessus. Mais alors qu'elle gagnait grâce à l'attaque Cadeau de Cadoizo, ce dernier décide de faire une attaque Cadeau à Pikachu, qui retrouve toutes ses forces (l'attaque Cadeau permet de, soit faire des explosifs, soit régénérer l'énergie). Bien que le trio ait échoué, les trois acolytes sont tout de même réintégrés.

Alors qu'ils sont perdus dans le brouillard, nos amis tombent sur une jeune femme possédant un Feunard, qui les emmènent chez elle. Alors que la femme quitte la pièce, Ondine remarque que son image ne se reflète pas dans la glace, seulement Feunard y apparaît. Pierre lui donne alors un tas d'excuse. Puis, alors qu'Ondine va pour vérifier le miroir, la femme revient et demande à Pierre de rester. Pierre vient pour la prendre dans ses bras, mais il lui passe au travers. Sacha et Ondine tentent de ramener Pierre à la raison, mais sans succès. Pierre reste donc avec la femme, qui décide de chasser Sacha et Ondine de sa demeure. Ils décident alors de fouiller la maison et tombent sur un journal expliquant les faits : le propriétaire de Feunard est décédé il y a deux cents ans, et tout ce qui se trouve dans la demeure, la femme y compris, se trouve être une illusion produite par Feunard. Après une bataille contre la Team Rocket, la Pokéball de Feunard est détruite. Le Pokémon est alors libéré de ce lieu et peut enfin aller où il veut.

Nos amis tombent sur un Debugant abandonné. Un homme tente de le battre pour qu'il soit son Pokémon, mais Debugant réussit à vaincre ses Pokémon. La Team Rocket s'empare ensuite de Debugant. L'homme tente de le récupérer. Puis il décide de se battre lui-même contre Debugant et gagne.

La Team Rocket creuse un trou pour piéger Sacha et ses amis, puis se cache. Sacha se doute de quelque chose et saute pour faire fonctionner le piège, mais sans succès. James les accuse d'avoir cassé leur beau piège. La Team Rocket apparaît devant le groupe d'amis et James saute pour activer le piège, si bien que tous tombent dedans ! Ils tombent alors sur une fille, nommée Calisia, qui fait des prédictions météorologiques grâce à des Xatu. Elle annonce un déluge qui arrivera le lendemain, mais elle s'est trompée : finalement c'est le jour même.

Se promenant dans la forêt, nos amis ont l'impression de tourner en rond. Soudain, Pikachu et Togépi ne se sentent pas bien. Ils ne sont pas les seuls : tous les Pokémon de la forêt semblent être malades. En suivant un grognement, Sacha et ses amis tombent sur un Leviator rouge, qui est une expérimentation de la Team Rocket. Une équipe de la Team Rocket les attaque alors, et tente de les empêcher de partir. Sacha fait appel à son Kaiminus, mais lui non plus n'a pas la forme. Peter arrive et les sauve à l'aide de son Dracolosse. Il demande au groupe d'amis d'aller se cacher dans la forêt, où il les rejoint plus tard. Pikachu et Togépi se sentent beaucoup mieux et Peter indique une route par laquelle il demande au groupe de partir. Puis, il infiltre la Team Rocket et assiste à la capture du Léviator rouge. Sacha et ses amis tentent de le libérer, mais la Team Rocket envoie une onde initiatrice d'évolution, et les Pokémon perdent à nouveau leur force. Nos compagnons se font alors capturer par la Team Rocket.

Jessie et James veulent prendre Pikachu, mais la manette permettant de le libérer laisse échapper tout le monde. Sacha utilise l'attaque brouillard de Héricendre pour prendre la fuite. Jessie et James les poursuivent. Peter intervient et détruit le laboratoire. Voulant transporter le Leviator, la Team Rocket perd le contrôle des hélicoptères et le Pokémon s'enfuit. Alors que Peter se charge du chef des opérations, Sacha va rejoindre Leviator, qui se fait une nouvelle fois capturer par la Team Rocket. Sacha le libère à l'aide de Macronium et Léviator se débarrasse de la Team Rocket. Mais alors qu'il veut retourner dans l'eau, Jessie et James le capture à l'aide d'un filet. En voulant se débarrasser de Sacha, qui s'est agrippé au filet, Miaouss plonge le filet dans l'eau, ce qui redonne de l'énergie au Leviator et lui permet de se libérer. Peter combat Léviator à l'aide de Dracolosse et le capture. La Team Rocket est arrêtée.

Nos amis font la rencontre d'un maître d'arène, qui croit qu'il n'y a pas de place pour les sentiments entre le dresseur et le Pokémon. Après une démonstration, il refuse de combattre Sacha. Mais ce n'était pas sa manière de penser auparavant. À la suite d'une intervention de la Team Rocket, tous deux tombent dans un ravin. Ils voient un objet qui appartenait à son Cochignon. Il raconte que, à la suite d'un match qu'il avait perdu contre Magmar, son Cochignon s'était enfui. En continuant d'avancer dans le ravin, ils tombent sur Cochignon qui est totalement congelé, tenant des herbes médicinales. Sacha comprend alors que Cochignon était parti pour chercher ses herbes, dans le but de soigner son dresseur. Sacha fait fondre la glace à l'aide de Héricendre et grâce à l'attaque éclair de Pikachu, Cochignon revient à lui. La Team Rocket revient pour capturer Pikachu, mais Cochignon s'en débarrasse. Freddo accepte alors de faire un duel contre Sacha.

Sacha gagne son septième badge de Johto, le badge Glacier, contre Freddo (Type Glace).

Dépendant de la direction du vent (qui transporte des fragment de pierre feuille ou de pierre soleil), les Ordide deviennent soit des Jolifleurs, soit des Raflésias. Mais à cause du grand arbre, cela crée des conflits de territoire dus à l'ombre qu'il projette, puisque tous veulent être au soleil. À l'aide de Macronium, Sasha tente de faire cesser les disputes, mais celles-ci reprennent toujours.