En se promenant dans une vallée, nos amis tombent sur un Volcaropod, qui leur bloque le chemin. Ils tentent de le faire bouger, mais ne font que l'irriter. Ondine utilise Tétarte, mais il se fait battre. Un jeune garçon apparaît et c'est le début des hostilités entre Ondine et lui. Plus tard, il doit combattre Volcaropod avec son Pyrolie, mais finalement il ne s'en sort pas mieux qu'Ondine. Grâce aux conseil d'Ondine, il réussit à le capturer, mais la Team Rocket s'empare de sa Pokéball. Grâce au Tétarte d'Ondine, il retrouve sa Pokéball. Puis, grâce aux attaques réunies de Tétarte, Volcaropod et Pikachu, la Team Rocket est vaincue.

En se promenant dans les montagnes, nos amis tombent sur Lilly, la magiciennes Pokémon. Elle avoue avoir besoin d'un Pikachu pour réussir un sortilège permettant de lire les pensées des Pokémon. Après avoir réuni tous les ingrédients, Sacha se porte volontaire pour tester le sortilège et se transforme en Pikachu.

à la suite d'une intervention de la Team Rocket, Pikachu se retrouve sans énergie. Ils suivent alors une femme, qui les emmène vers un lac aux vertus magiques, permettant de régénérer les Pokémon électriques grâce au cristal qui se trouve au fond. La Team Rocket tente de s'en emparer, et les Pokémon électriques l'attaquent, mais sans succès. Électhor, le Pokémon légendaire, intervient et réussit à battre la Team Rocket, mais il se retrouve épuisé. Nos amis vont donc récupérer le cristal pour le remettre au fond du lac, mais rien ne se passe. Les Pokémon électriques utilisent alors une attaque éclair sur le cristal, qui reprend de l'énergie, mais il ne reste pas allumé. Alors qu'Électhor est dans l'eau, les Pokemon recommencent, et Électhor reprend son énergie et réactive le cristal.

Nos héros rencontrent une fille qui donne un spectacle avec ses Toudoudous. Mais, pendant le spectacle, la Team Rocket intervient et s'empare des Toudoudous. Alors que Pierre distrait le public, avec la seule chanson qu'il connaisse, Ondine et Sasha récupèrent finalement les Toudoudous et le spectacle peut reprendre.

Alors que Sasha allait disputer un match contre la Team Rocket, un Ramoloss arrive et se place en plein centre, mettant sa queue dans l'eau. Par la suite, Madeleine arrive. Apprenant que Régis a suivi la formation au combat, Sasha veut en faire autant. La Team Rocket en fait autant, mais seulement pour mettre leur plan en route, qui est de voler la statue d'or de Ramoloss. Finalement, le Ramoloss du départ évolue en Flagadoss et mets la Team Rocket K.O.

La Team Rocket vole l'identité du professeur Chen et de Marie. Un tournoi est alors organisé pour découvrir lequel des deux professeurs Chen est le vrai.

Les personnages aident Mélo à retrouver les Mélofées. Entre temps, la Team Rocket et la PMC (Pokémon magique club) cherchent à s'en emparer. Alors que la soucoupe va s'envoler, Mélo évolue en Mélofée, et finit par retrouver les siens.

Arrivant en ville, Sacha et ses amis rencontrent un garçon qui fait des matches avec son Tartard. Ondine le défie avec son Tetarte, mais perd. Alors que Tartard se bat contre Macronium, Pierre intervient et annonce que Tartard ferait mieux de se reposer puisqu'il venait de faire huit matches. Usant de ruse, la Team Rocket parvint à s'emparer de la Pokéball de Tartard et utilise une de leurs inventions pour le contrôler. Grâce au Coraillon d'Ondine, Tartard est libéré, et c'est maintenant Jessie qui se retrouve contrôlée par Miaouss et, après, James (qui veut qu'elle fasse une attaque lance-flamme et ultra laser). Ondine fait appel à Tetarte, qui évolue en Tarpaud. Grâce aux attaques combinées de nos amis, la Team Rocket est vaincue.

Après avoir défié une dresseuse, celle-ci parle d’un Parc des Combats. Sacha et ses amis s’y rendent, mais malheureusement, c’est fermé. Cependant, la Team Rocket qui travaillait là, leur annonce que c’est ouvert et ils vont faire un combat. Après avoir perdu par deux fois, la Team Rocket volent tous les Pokémon du parc, mais pour se défendre, les Pokémon se retournent contre elle.

Alors qu’il s’était perdu, le Tarpaud d’Ondine se fait retrouver par une femme, qui croit que c'est son Bill, son Tarpaud. Lorsque Ondine se rend compte que Bill n’est pas son Tarpaud, elle part à la rechercher du sien, mais la dresseuse la supplie de bien vouloir lui prêter son Tarpaud pour la compétition. Après lui avoir fait comprendre qu’elle n’agissait pas de la bonne manière, avec ses Pokémon, la dresseuse admet ses torts et reprend Tarpaud au sein de son équipe.

Alors que deux choix s’offrent à eux, nos amis décident de passer par la Caverne de Cristal qui est entièrement de glace. Après un piège de la Team Rocket, Pierre tombe malade. Nos amis décident donc d’aller dans un Centre Pokémon pour l’y faire soigner. Cependant, la Team Rocket n’a pas dit son dernier mot et réchauffe l’intérieur de la caverne. Après avoir réparé leurs dégâts et libéré les Pokémon de glace, ils se débarrassent d’eux.

Nos amis suivent Sandra qui escorte Minidraco vers le lieu où il changera de peau. La Team Rocket tente de s’en emparer, mais échouera lorsque Minidraco évoluera en Draco.

Alors que Sasha disputait son match contre Sandra, la Team Rocket vole la dent du dragon, ce qui met fin au match. Alors que la Team Rocket prend la fuite, elle arrive à la terre sacrée des dragons où elle convainc un Dracolosse de les aider, en se faisant passer pour les « gentils ».

Le Dracofeu de Sacha est de retour. Alors que Dracolosse a perdu la raison, Draco et Dracofeu, et finalement Pikachu, tentent le tout pour le tout pour qu’il retrouve ses esprits et cesse de tout détruire.

Sacha gagne son huitième et dernier badge de Johto, le badge Lever, contre Sandra (Type Dragon), qui lui permet de participer à la ligue Pokémon de Johto, la conférence

La Team Rocket a volé les badges de Sasha, Jessie pour s’inscrire au championnat, et James et Miaouss pour les vendre. Mais alors que Qulbutoké est censé les surveiller en attendant le retour de la Team Rocket, il les remplit de fruits sauvages, et se fait voler la boîte par un Okéoké. Après avoir récupéré les badges, la Team Rocket s’enfuit, mais Pikachu leur lance une attaque éclair et Sacha retrouve ses badges.

Ondine fait un combat aquatique contre Dorian, qui est propriétaire de l’arène du rivage.

Sacha retrouve son Locklass. Alors que la Team Rocket capture tous les autres Locklass, celui de Sacha tente de leur venir en aide. Il se rend alors compte que tous sont libérés, sauf la maman et le chef. Malgré le bruit produit par les tourbillons, il réussit tout de même à les repérer et à les sauver. Le chef du troupeau cède alors sa place au Locklass de Sacha, pour tous les guider. Sacha s'inscrit à la conférence.

L’œuf éclôt, en un Embrylex, malheureusement sa chaleur corporelle est trop basse. Nos amis l’emmènent à un Centre Pokémon pour le faire soigner, mais l’infirmière Joëlle n’y parvient pas. Elle fait venir le professeur Orm, qui parvint à le soigner à l’aide du Professeur Chen qui l’accompagne (la mère de Sacha est également là). Finalement Embrylex est guéri et Sacha lui montre le monde extérieur. La Team Rocket veut s’en emparer, mais Embrylex les envoie vers d’autres cieux grâce à son pouvoir caché.

Poursuivant leur voyage, nos amis tombent sur des sources chaudes ayant des effets bénéfiques sur les Pokémon. Ils rencontrent un jeune garçon qui souhaite capturer un Entei. Malheureusement pour lui, Entei contrera toutes ses attaques et forcera son Pokémon spectre, Feuforêve, à retourner dans sa Pokéball. Cependant, Nelson n’abandonnera pas, tant et aussi longtemps qu’il ne l’aura pas capturer. (Dans cet épisode, le Pomdepik de Pierre évolue en Foretress).

Sacha et ses amis arrivent devant une rivière asséchée et voient un rocher avec une couronne. Alice et son père leur expliquent alors une légende mettant en scène des Ramoloss.

Nos amis retrouvent Katie, la fan des Électec, alors que la Team Rocket vient de capturer Embrylex et Éleckid. Mais ils se sauvent. Ils retrouvent le vieux vendeur de Magicarp, qui tente de refaire le même coup, mais James ne se laisse pas avoir une autre fois. En revanche, lorsqu’il leur parle d’un Poussiflore, Jessie le veut à tout prix, et décide de l’échanger contre l’Ampiflore de James. Complètement démoralisé, James le fait se battre contre Sacha et ses amis, et il finit par évoluer et tente d’avaler Jessie. Folle de rage, celle-ci ordonne à Arbok de se débarrasser d’Ampiflore.

Alors que la Team Rocket a capturé des Pokémon grâce à un aspirateur, Sacha se retrouve également capturé, mais Embrylex réussit à ne pas tomber dans leur piège et sauve tout le monde.

Nos amis font la rencontre d'un Zarbi, qui les plonge dans l'esprit d'Embrylex, où ils l'aideront à se défaire de ses mauvais souvenirs.

Embrylex retrouve sa mère.

Nos amis doivent aller allumer la torche avec la Flamme Sacrée, mais elle est bien protégée.

Les qualifications commencent.

Sacha remporte son premier match des demi-finales.

Sacha remporte son deuxième match des demi-finales, et se retrouve à se battre contre Régis pour la premiere partie de la finale.

Avant leur affrontement, Sacha se remémore une ancienne confrontation avec Régis, qui s'était conclue par un match nul. Début du combat, entre Sacha et Régis, qui appellent respectivement Tauros et Nidoqueen. Ce dernier l'emporte, mais Régis préfère le rappeler et envoie Magmar face au Scarhino de Sacha. Il est défait, et Régis fait alors appel à son Pokémon le plus puissant, Tortank.